imbg: (Default)
 Недавно получил на почту от Andrey Pichugin - делюсь со всеми, судя по всему программа заслуживает внимания:




-  Привет! Я набрел на классный инструмент для создания библиотек zotero.org. Это как EndNote, но возможностей побольше и очень просто устроен.

Преимущество в том, что когда смотришь статьи в Chrome или Firefox, нужно только нажать на значек в поисковой строке, и статья автоматом закачивается в библиотеку. То есть, не нужно самому сохранять файлы под читаемыми именами и т.д. Все само! Потом перетакиваешь "статью" (со всеми данными выходными и web адресом) в нужную папку.
 
К этой проге есть вордовский и опен-офис add-in. Когда пишешь статью, и надо вставить ссылку, нажимаешь кнопку,и в появившейся поисковой строчке вводишь автора, например. Второй клик - и статья включена в список литературы!
 
И полная круть в том, что все мои библиотеки, соьбранные по-крупицам (переназванные файлы) можно просто перетащить в zotero, обновить выходные данные, и все статьи сразу оказываются в полнотекстовом виде с аннотациями!
 
В целом - можно работать со статьями так, что комментарии или фрагменты статей будут прикреплены как отдельные файлы. То есть можно, читая статьи с планшета, вводить комменты, выделять важное, а потом сохранить это, важное для тебя, и оно по вай-фаю в твоей библиотеке сразу.
 
Короче, я стал фанатом Зотеры!
***


Возможно, и вам понравится.
imbg: (Default)
Наша лаборатория выпустила новую статью.



В контексте ЖЖ тут  интересна не сама сказка, сколько присказка - как эта статья публиковалась. Два (!) года назад она была написана в первоначальном виде. Нам показалось, что статья получилась отличной - есть там и молекулярная биология, и нокаутные мыши, и актуальное сейчас воспаление кишечника крепко связывалось с присутствием или отсутствием экспрессии одного гена. В общем, ничтоже сумняшeся, отправили мы манускрипт в Nature Medicine.

Редактор ее принял благосклонно, и отправил на рецензию. Месяц ждем, второй. Рецензия пришла злая - то фи, это фи, тут добавить, тут убрать, в общем нам не нравится. Обидно было, что некоторые (при чем, основные) замечания были не  очень справедливы. Например, мы моделировали воспаление кишечника у мышей соединением DSS (производное декстрана) - этот полисахарид царапает стенки кишечника и не переваривается, картина получается адекватна человеческому воспалению. Это такой же стандарт, как аллоксановый диабет у крыс, и используется весьма уважаемыми учеными. 

Однако один рецензент, гвоздь ему в голову, уперся - неадекватная модель и все тут. А сделайте вы лучше cecal ligation and puncture (CL&P). Тогда поверим. CL&P,  для тех кто не знает, процедура проще некуда - берется мышка, под наркозом разрезается пузико, достается тонкая кишка, перевязывается ниткой (модель запора), и несколько раз протыкается иголкой, чтоб содержимое кишки попало в брюшную полость и вызвало заражение. После мышку аккуратно зашивают, выводят из наркоза и недельку-другую наблюдают на предмет температуры и общего состояния. И так 10 раз (в смысле, 10 мышей прооперировать, чтоб статистика не ругалась). И еще 10 раз - с нокаутными мышками. Всего 20 операций. Спасибо хирургам из соседнего отдела, предоставили все необходимое и активно помогли...

Результат - наша теория укрепилась, 
CL&P полностью подтвердило - без гена нашего кранты, не может иммунная система остановится когда надо - уже ни одной бактерии нет в брюшной полости, а у нокаутных мышей воспаление полыхает что твой Майдан! Кстати, интересно, что из 10 здоровых мышей после всех издевательств 6 выжили и выздоровели - нитку перегрызли ферментами и макрофагами, дырки в кишках заштопали!

Прошло полгода. С грехом пополам большую часть требований выполнили, остальные как могли устранили окольными способами. Шлем статью обратно. Месяц ждем, второй. Приходит ответ - все равно нам не нравится. Тут статистика не такая, да и новизна как-то статьи не радует. Давайте, подрихтуйте тут и там, и присылайте.

Рихтуем, пересчитываем, перефразируем - три месяца пролетело. Шлем обратно. Месяц ждем, второй. Приходит короткая рецензия - нам не нравится, новизны нет, а мы журнал элитный - в общем получите отказ, файлы все мы удаляем, good bye!

Поплакала первый автор, шеф смурным походил - делать нечего, прощай Nature! Пошли к тем, кто попроще. Естественно, после всех кульбитов с доработками статья уже была на порядок качественнее, опубликовать ее долго времени не  заняло. Однако те год-полтора бодания с Nature научили нас тому, что ни в одном университете не скажут.

Всегда стоит держать в уме, начиная новую тему, что качественно сделать историю и написать на хорошем языке не достаточно. История должна быть абсолютно новой. Мы ранее еще публиковали, что наш ген в клетках ингибирует иммунный ответ. Кроме того, геномные скрининги показали,что он участвует в росте опухолей. В новой статье мы подтвердили оба факта, использовав уже мышей с нокаутом этого гена, и показали те же эффекты на организменном уровне. Оказалось - нет, новизны тут нет, это формально говоря - доработка результатов. Вот если б на мышах была показана предрасположенность скажем к диабету или сердечно-сосудистым заболеваниям - тогда это новое направление. А так - высоко-импактовым журналам история не интересна. Хороший урок.
 
imbg: (Default)
Есть классный метод в биологии - проточная цитометрия, хотя привычнее он звучит как  flow cytometry  



Метод позволяет поштучно подсчитать популяции из миллионов клеток на предмет размера или наличияя каких-либо детерминант. Метод абсолютно незаменим в иммунологии, ну и другие им не брезгуют. Кстати мы об этом методе уже удивлялись - ссылка на то, какие клетка может выдержать перегрузки.



Сам метод - как велосипед - научится легко, но понять и отточить навыки можно только с практикой, при чем длительной. И вот для тех, кто хочет понять саму суть работы, чтоб потом щеголять перед абитуриентками биофака при интервью с профессором не упасть в грязь лицом, очень полезное видео на сайте Invitrogene -  Learn about the principles of flow cytometry . Рекомендую смотреть не в Opera (у меня запустилось в Chrome).  



Кстати там есть еще четыре презентации - все по флуоресценции - ссылка на учебники.
imbg: (Default)
В догонку к прошлому сообщению о компьютерах в СССР  вспомнился мне чудный анекдот, который любил нам рассказывать наш математик в университете. Он рассказывался как история, которая случилась на кафере математики одного ВУЗа, но на сколько это правда, и правда ли вообще - сие остается загадкой. Однако сама история, даже если она и выдумана, прекрасна и поучительна. Положим ее в нашу рубрику познавательного - интернетситет. Потому что помните - загадочные и мистические события могут иметь простое и неожиданное обьяснение.

Итак представьте: первые огромные машины (как на фотографии), а программирование только набирает силу. Программистами идут самые передовые, самые перспективные студенты и ученые: те кому чужды суеверия; те, кто каждую проблему решает только с позиции материализма и математики.



И тут обнаруживается дикая вещь - если в комнату с работающим компьютером-шкафом зайдет девушка, компьютер начинает работать не стабильно. Получается какая-то мистика - компьютеры "чувствуют" женское присутствие, и "отвлекаются" на них в ущерб точности расчетов.

Когда набралась "статистика" и от этого уже не получалось просто отмахиваться, пошли обычным средневековым путем: женщин перестали пускать к работающим компьютерам - хоть суеверия нам чужды, но так спокойней. И действительно, ситуация улучшилась - без женщин компьютеры работали снова стабильно. Особые интеллектуалы заговорили загадками - мол мы видим зарождение ИИ - искуственного интеллекта. Как он мог зародиться в груде проводов, что это такое, и почему Оно возбуждается на женщин, а не на стулья, карандаши или штукатурку - обьяснить никто не брался. Но факт оставался фактом.

Решение мистической задачи было, как всегда, изящным и до смешного неожиданным. Напомним, что в это время только появились и сразу вошли в моду синтетические ткани - нейлон, лайкра, кримплен, винил, дралон и прочие “-лоны”, “-ланы”,”-лены”. Одежда преобразилась - и конечно самые прогрессивные девушки (а с компьютерами другие и не работали) стали тут же носить все их синтетики - и белье, и платья - т.е. все самое модное и прогрессивное. При движении ткани терлись одни об другие - и вырабатывалось довольно много статического электричества. Не знаю, какая разность потенциалов при этом вырабатывалась, но первые хрупкие компьютеры сходили с ума именно от этого. 

Когда женщин-программисток переодели в хлопок, компьютеры перестали на них отвлекаться. Мистическая загадка была разгаданна - и жизнь пошла своим чередом, без ненужных забобонов и суеверий.

Вот такая история - хотите верьте, хотите нет.
imbg: (Default)
Давно у нас не було детского творчества. Напоминаю условие: ваши дети для собственного развития делают научную работу, мы ее публикуем, а наши читатели ее критикуют - при чем давайте это делать по сути, понятными словами (и конечно же без политики или спама), но объективно и без сюсюканья. Наша цель - дать ребенку возможность построить и описать эксперимент, похвалить и указать на то, как можно будет сделать еще лучше, а также научить быть критичным к самому себе.

Примеры работ (там пока только одна) - по тегу child



  А сегодня у нас разговоро о нанотехнологиях. Именно так. Мы публикуем работу Бардина Петра Алексеевича, 2004-го года рождения. Петр живет в Пензе, и поступает в 1 класс "А" МАОУ многопрофильной гимназии №13 г. Пенза, и он с детства увлечен темой прогресса и передовых технологий. Тема его работы очень созвучна с нашими недавними философскими публикациями, поэтому сейчас для ее публикации - самое время:


Детское творчество
Срочное сообщение

«Мысль как новый наноэлемент»

Петр Алексеевич Бардин, 7 лет

Наномир – это невидимый мир, то есть такой маленький, что его не видно человеку. Наши мысли тоже невидимые, но они есть. Они просто очень маленького размера и они повсюду. Ведь не зря говорят: «мысль висит в воздухе», «наговорить на воду», «земля еще помнит то сражение», «вещь помнит своего хозяина», «космический разум».

Если внимательнее изучить привычное для нас окружение (например: воду, воздух, землю) через нано-размер, то можно выделить некую Нано-Молекулу Мысли или информационную нано-частицу. Информационная нано-частица содержится во всем, что нас окружает. Это как белый лист бумаги, как пустой сосуд для мыслей.  Надо лишь научиться управлять этой частицей: находить ее, придавать ей необходимый смысл, нужную скорость и направление.

Тогда жизнь человека упростится:  не нужны будут книги, компьютеры, телефоны, диски, флешки и все то, на чем мы привыкли хранить и передавать свои мысли. Все будет проще. Мы сможем научиться общаться мысленно, управлять силой мысли разными приборами, событиями, природными явлениями!

Некоторые люди и сейчас так умеют, но скоро это будет доступно всем. Мысли можно будет передавать на расстоянии, визуализировать и складировать их, обращаться к мыслям предков. Появится одна всеобщая нанобиблиотека человеческих мыслей - и  все сказанное и придуманное человечеством за миллиарды лет не займет и квадратного сантиметра на нашем столе. Может быть сначала потребуются мыслефоны, мыслевизоры, мысленет, мыслеприемники.

Но в будущем Человечество просто научится пользоваться невидимым, но вездесущим информационный нано-полем вокруг себя напрямую без приборов, просто силою мысли. Думаю, что следующим шагом Человечества станет поиск временной нано-частицы. И благодаря открытию нано-частиц Времени и Мысли станут возможны путешествия во времени, к другим галактикам, телепортация, материализация мыслей и многое другое.

 

imbg: (Default)
Энтропия (от греч. ἐντροπία — поворот, превращение) в естественных науках — мера беспорядка системы. Если не следить за порядком (не затрачивать на это энергию) - энтропия всегда увеличивается. Это не сложно понять - перестаньте убирать у себя дома (затрачивать энергию) - и степень беспорядка начнет расти с каждым днем.

Обьяснить понятным языком, что ж такое энтропия, попросил мой племянник, который начал изучать физику (наверное термодинамику) в колледже. Специально для него - пост ниже:

Несколько фото швейцарского художника Урсус Верли на эту тему. Вот обычная открытая система:



А теперь мы ее упорядочим, затратив не слабую энергию и уменьшив энтропию:




То же самое можно проделать с тарелкой супа: вот нормальная открытая система:



Приложим энергию и наведем порядок, значительно понизив энтропию:



Надеюсь, смысл понятия энтропии теперь будет понятно даже самым маленьким.

P.S. Фото обнаружены в сегодняшнем выпуске у ibigdan. Они сделаны швейцарским художником Урсусом Верли (Ursus Wehrli). Парень действительно интересный - послушайте его рассказ на ТЕДе:


imbg: (Default)
 Видео не похоже на подделку, хотя я собираюсь на днях проверить сам.



Но все-равно - прежде всего хочу спросить - а какие выводы из этих опытов можно сделать? Кукурузина лопается из-за температуры - ее разрывает скопившийся внутри пар. Но в таком случае при длительных разговорах мы обжигали бы ухо. В общем эффект (если он присутствует, что я проверю и сообщу) не очень понятен, и уж подавно не понятно, как экстраполировать это на нас с вами - мы то не кукурузины.
imbg: (Default)
UPD: На Ленте.ру почему-то сделали следующий подзаголовок для этого поста: "Очень наглядное исследование, демонстрирующее, что равенство рас - это миф" . Это не является тем, о чем я пишу - говорить о равенстве или неравенстве рас глупо. В данном посте мы рассматриваем биологическое доминирование, при чем на довольно наивном уровне. Наглядное не всегда верное. Равенство рас - это не миф, а очевидность.

В смешаных браках негры и китайцы передают своему потомству больше фенотипических признаков, чем белый человек. Грубо говоря, если один из родителей белый, а другой - нет, то ребенок будет сильно отличаться от белого фенотипа. Никаких рассовых предрассудков- чистая биология. Назовем условно белый фенотип рецессивным, а негров и китайцеы - доминантными (при всех оговорках, тут не существенных).  

А теперь вопрос номер два - кто будет доминантный в паре негр-китаец? Ответ нашелся, когда я заглянул через плечо коллеге по работе, которая рассматривала китайский бульварный сайт, посвященный смешанным бракам подданых Поднебесной с обитателями исторической родины человека (ссылка на китайскую версию, используйте гугл-переводчик).

Итак вот фотографии пар:





А вот фотографии деток из таких смешанных браков:





Вывод: негры доминантнее китайцев. И оба типа доминантнее белой расы. С биологической точки зрения! Интересует более серьезная информация по рассам? Вам тогда к нам на Биомолекулу: Скверный анекдот: негр, китаец и Крейг Вентер...

Nota bene для новых пользователей: информация выше - пример того, как биолог может брать информацию из казалось бы бесполезных желтых источников. Данный пост является частью образовательной программы "Интернетситет".

Если вы хотите почитать только серьезные научные новости, выбирайте тег "science news" или RSS-science.

Если вас интересует облегченные научные новости - тег "non" и RSS-non


imbg: (Default)
 В феврале мы писали про статью Роджера Анджера (Roger Unger) о том, что роль инсулина в развитии диабета первого типа переоценена, а точней из следствия превращена в причину. Сегодня он давал лекцию, и по свежей памяти я повторю некоторые моменты, хотя в начале лекции я чуть пропустил предисторию - заснул минут на 15.


Роджер Анджер и Йонг Ли

Известный принцип - две противоположные мышцы (сгибатель-разгибатель) действуют в паре - когда одна из них напрягается, вторая автоматически расслабляется. Схожую регуляцию можно и применить к гормонам углеводного метаболизма - инсулину и глюкагону.

Исторически инсулин был открыт как вещество, снижающее концентрацию сахара в крови - Бантингом и Бестом, за что они получили Нобелевскую премию. Открытие сложно переоценить - инсулином спасли огромное количество людей и продолжают это делать и сегодня. Однако неоднозначное действие инсулина - он не всегда корректно регулирует концентрацию сахара в крови - наводит на мысль, что дела не в нем одном.

Идея Анджера состоит в том, что сахароснижающее действие инсулина - это результат его антагонизма с глюкагоном, - другим гормоном. Введение инъекционного инсулина снижает уровень секреции   глюкагона, который и является главным гормоном-регулятором как концентрации сахара в крови, так и остальных функций, которые ранее были приписаны инсулину. Звучит интригующе и довольно странно - но он представил огромное количество корректных данных, которые наработал за 50 лет исследований (его статьи в PubMed). Его рецепт поддержки при диабете - лептин (для снижения уровня глюкагона) и в десятки раз меньшая доза инсулина (статья с результатами на мышах).

Кому интересно - милости прошу в PubMed; нужные статьи я могу выслать. Все написанное выше иллюстрирую несколькими фотографиями слайдов, сделанных мобильным телефоном во время лекции:
Read more... )
imbg: (Default)
 Современная биология оперирует уже не только специально созданными молекулами. Самым достоверным подтверждением функции того или иного гена или группы генов - это создание ипоследующее изучении организмов с мутациями в этих генах.

Конечно, можно терпеливо перебрать тысячи диких мышей и наконец найти ту, у которой интересующий нас ген выключен. Но в науке не принято ждать милости от природы - обычно такую генно-модифицированную мышь можно создать своими руками менее чем за год-полтора. 

Итак, ниже я приведу "комикс" на английском про то, как выключить в мышке любой интересный нам ген (на примере инактивации OhNo гена):

Сначала берем стволовую клетку из взрослой мыши (шаг 1), как правило из коричневой окраски самца:




Инактивируем интересующий нас ген специальной вставкой (шаг 2 - 3: на самом деле это не так уж и просто, но примем за данность, что прошло пара месяцев и мы это сделали). Маркерный ген на вставке - это ген устойчивости к какому-нибудь яду (например, неомицин). Этим ядом мы и проводим отбор "позитивных", модифицированных клеток (шаг 4):
 







Отобранные клетки вставляем в развивающийся эмбрион на ранних стадиях от белой мышки-самки (шаг 5; цвет выбран не случайно). В итоге клетки "коричневые" клетки дифференциируются и их потомки с мутантным геном образуют в будущем мышонке те или иные органы.

У нас получаются смешанной окраски мыши, среди которых нас интересуют те самцы, у которых половые клетки "коричневого фенотипа", т.е. которые произошли от измененных клеток коричневого самца (шаг 6). Дальше такой "черепаховый" самец получает опять белую самку, и уже традиционным путем мы получаем потомков (шаг 7), которых отбираем по цвету - коричневые несут нужную нам мутацию, в чем мы убеждаемся после анализа ДНК:


Правда такие потомки гетерозиготны - имеют одну копию мутации и одну нормальную аллель. Скрещивание их между собой наконец дает нам нужный фенотип - две копии мутантного (выключенного) гена (шаг 8). Такая мышь называется нокаутной мышью по гену Х:



Правда, такие нокаутные мыши не всегда жизнеспособны - это зависит от того. насколько важен ген. Например, полные мутанты по каспазе-8 умирают на ранних стадиях эмбриогенеза, и получить можно только гетерозиготы или другие хитроумные "нокауты" - тканеспецифичные или точечные мутанты. Но об этом в другой раз.

Картинки отсюда

imbg: (Default)
 Дополним наш раздел под тагом soft, где я собираю описания он-лайн программ для молекулярщиков. В основном собираю для себя, потому что однажды разобравшись, жаль забывать это - и ЖЖ-страничка естьм лучший способ для конспекта. Если вам интересно - приходите и читайте, мне статистика подскажет - публиковать ли дальше подобные узко-биологические посты.

Итак геномная база данных UCSC Genome Browser,  привлекла внимание своей широкой настраиваемостью. Идем на главную страницу, запускаем раздел Genome, и спустившись ниже (или через кнопку Config) включаем все опции, которые хотим. Сегодня меня интересуют - какие транскрипционные факторы связываются с промотором моего гена - я включаю  ENCODE Transcription Factor Binding и Regulatory elements from ORegAnno.

 

Результат на экране - двигаем нить ДНК и рассматриваем кандидатов. Остальные опции неменее просты и полезны - по мере изучения будудополнять этот пост.
 
imbg: (Default)
 
Давно хотел обратить внимание, что уже две газеты - Lenta.ru и Gazeta.ru - завели себе очень не дурственные разделы по новостям науки: рубрика "Прогресс" у Ленты и рубрика "Наука" у   Gazeta.ru . Это очень круто - раньше информацию по новостям науки можно было отслеживать только на специализированных сайтах или по-английски. Мой респект редакциям.

И вот Газета.ру перепечатала из последнего Nature статью о том, что слишком уж много аспирантов на белом свете: Аспирантура застряла в средневековье. Позволю себе ложку дегтя в рассуждения о современном ученико-строении.  




Вообще меня умиляет позиция, которую пытаются выставить чуть ли не аксиомой - ученики, мол, это такая инертная Tabula rasa, мозги которых надо максимально комфортно и емко заполнять знаниями, для чего надо плясать вокруг них с бубном (не верите? почитайте про вступительный экзамен в чудо-юдо Сколково).

Наперебой предлагаются новые схемы обучения - рисуются схемы и мультики, которые скоро будут понятны даже обезьяне. В этих схемах голова ученика - это пустое ведро, а обучение - это тетрис: падают блоки знаний, и задача учителя - их компоновать наиболее удачным способом. Задача студента - "хавать" - ставить крестик в тестах, которые уже за тебя напечатаны в рабочей тетрадке; ведь устный экзамен - это фи, может травмировать психику недоросля.  

Не удивительно, что большая часть выпускников рыщут по жизни и ищут, где ж теперь надо ставить ответы-крестики. Однако теперь - волнуются взрослые - таких выпускников что-то уж больно много стало. Наверное, виновата система обучения. Некоторые заголовки:

Большая часть аспирантских программ повторяют модель, созданную в европейских университетах в средние века.

                                                 Реформа аспирантских программ назрела и в США

Два возможных пути действия –радикальную реформу аспирантуры или ее полное закрытие.


Мне всегда было интересно - почему считается, что все студенты - это однородное вещество, не способное учится самостоятельно? И почему при неком правильном подходе в обучении 100% студентов должны перерасти в 100 % гениев? Почему не нормально, когда только 10% студентов действительно владеют и горят своим предметом - остальные так, в виде баласта с "тройки" на "четверку". Вся история науки (и любой другой области)  - это безжалостная битва, где более удачливый топит менее удачливого; при чем состязание идет в течении всей жизни, и не только ум, но и интуиция, и простая удача, и много других параметров (общительность, хобби, семья) - все дает свой вклад в победу или проигрышь. Основное правило жизни - хочешь быть наверху - работай как проклятый. Не хочешь работать - наслаждайся, но тогда не расстраивайся, что твое мнение особо ничего не значит в выбраной тобой области. Каждый выбирает свое.  

Слишком много аспирантов? Но это же прекрасно! Это классический дарвиновский естественный отбор, суть которого - дать здоровое племя ученых, которые прошли отбор один из ста! Остальные отбор не пройдут - но они создадут условия отбора, дав реализоваться тому, кто станет новым Эйнштейном, Нэшем, Фельдманов, Мечниковым.

Если поделить студентов на безвредных (с "троечки" на "четверочку") и полезных (выделяются из толпы любым признаком - активность, ум, хитрость и т.п.), то процесс обучения и профессионального отбора студентов в будущем чудно опишет цитата из Дарвина (тут речь идет об отборе вообще, но включите фантазию и переосмыслите это с точки зрения обучения):  

Не следует также упускать из виду, как бесконечно сложны и как тесно переплетены взаимные отношения всех органических существ друг с другом и с физическими условиями жизни, а отсюда понятно, как бесконечно разнообразны те различия в строении, которые могут оказаться полезными всякому существу при меняющихся условиях жизни.

Мы видим, что полезные для человека вариации несомненно появлялись; можно ли в таком случае считать невероятным, что другие вариации, полезные в каком-нибудь отношении для каждого существа в великой и сложной жизненной битве, появятся в длинном ряде последовательных поколений? Но если такие вариации появляются, то (помня, что особей родится гораздо более, чем может выжить) можем ли мы сомневаться в том, что особи, обладающие хотя бы самым незначительным преимуществом перед остальными, будут иметь более шансов на выживание и продолжение своего рода?

С другой стороны, мы можем быть уверены, что всякая вариация, сколько-нибудь вредная, будет беспощадно истреблена. Сохранение благоприятных индивидуальных различий и вариаций и уничтожение вредных я назвал Естественным отбором, или выживанием наиболее приспособленного. Вариации бесполезные и безвредные не подвергаются действию естественного отбора; они сохраняются как колеблющийся элемент, как это наблюдается у некоторых полиморфных видов, либо же, в конце концов, закрепляются в зависимости от природы организма и свойств окружающих условий.


Чем не обоснование нужды в большом количестве выпускников, из которых большая часть должна в будущем элиминироваться?  

Реформа обучения не столь важна, как важно дать возможность лучшим студентам самим учить то, что им надо - и при этом жестко контролировать это устными и письменными экзаменами, чтоб не расслаблялись. И лучше старой, дедовской системы кнута и пряника, на мой взгляд пока ничего не придумано - просто преподавателей надо искать хороших. 
imbg: (Default)

 Что самое главное в танке пост-док проекте? Или в выборе темы аспирантуры? Некоторая практика показала, что есть одна критическая вещь, о которой нас не учили в университетах. Это вопрос, который постоянно надо задавать самому себе: "А эту задачу можно решить в принципе?"

Дело в том, что для молодого ученого, особенно за границей, эффективность работы (выраженная в статьях, докладах или патентах) абсолютно критичная величина! Этим вы отличаетесь от вашего руководителя - ему неудача одного конкретного проектане особо критична, у него как правило одновременно пять-десять направлений разрабатывается. Для вас же тупик в конце проекта может означать полный капут - время упущено, а результатов нет, и не важно, что виноват не вы, а ваш шеф, неугадавший в самом начале...

Поэтому каждый студент уже с начала своей работы может активно критиковать, обсуждать и предлагать свой способ решения того или иного задания. Более того - не надо ждат, что придет однажды Дед Мороз и вручит вам грамоту, что наконец вы стали ученым, и можете генерировать идеи. Вы можете выдвинуть и доказать верную гипотезы и в 16, и в 61 год - ведь вы не отличается от Дарвина или Уотсона ничем - те же  две руки, две ноги и одна голова. Они более работоспособные? Ну так в чем же дело - тоже сядьте и поработайте. Идея сама по себе не имеет возраста - но чем более молодой ум ее выдвигает, тем менее она идет на поводу у существующих теорий, которые могут быть ошибочны. Да кроме того: все великие в свое время были студентами, выдвигающими дикие идеи, а многие из них это делали и после признания (например, Френсис Крик с его идеей панспермии)!

Как только вы стали работать в лаборатории - вы ученый, который имеет право спорить с любым академиком! И принимать проект, вам предложеный, без обсуждения, вы не обязаны. Этому не учат, но всегда вспоминайте всегда аналогию с птенцами - только самые наглые и требовательные получают достаточно корма, чтоб лечь на крыло. Скромные трудяги очень удобны и всем нравятся - и как правило на них вешают потенциально мертвые (у нас) или слишком рисковые (у них) проекты. Выбор за вами - быть приятным в общении, или быть успешным в работе.

Об этом, кстати, очень удачно снял клип английский музыкант Дейв Гэхен (Dave Gahan).

Вот он, молодой аспирант, в белом костюмчике: сейчас, как шеф объяснил, он столкнет лодку-проект в открытое море науки и вперед - к открытиям новых далеких земель:



Аналогию насчет женщины в коротких шортиках придумайте уже сами :).
imbg: (Default)
 Вторым неожиданным открытием для меня стала философия диалектического материализма. Мое знакомство с ним случилось опять же случайно: потому что после университетского курса я питал сильнейшее отвращение ко всему философскому, а к философии материалистов начиная с Гегеля - просто презрение. Оказалось, что напрасно.

Понял я это после того, как мне в руки попался скромное эссе "Диалектика стакана". Я в то время очень сильно задумывался о том, что каждое явление имеет бесконечное количество проявлений, и все зависит от точки зрения. К моему разочарованию, оказалось, что не я один думал об этом - умные люди еще сто лет назад это отметили, описали, и сделали выводы. Мне оставалось только поучится у них умению мыслить и писать об этом.



Диалектика Стакаши


Самое интересное (и неожиданное), что грамотные философские работы не обязательно должны быть не читабельными, чтоб получить статус умной теории. Философские работы часто вполне дружелюбны, и уж точно могут быть представлены в формате ЖЖ.

Автора "Диалектики стакана" вы все прекрасно знаете. Цель статьи - показать, что один и тот же предмет - даже простой стакан -  имеет бесконечное число определений, которые зависят от точки зрения. Поэтому специалисты из разных областей часто не могут найти консенсуса по одной и той же проблеме - каждый держится за свою точку обзора, и консенсуса добиться очень тяжело.

Для естествоиспытателя важно держать в голове, что его объект исследования под другим углом может выглядеть абсолютно по-другому. Легко сказать, но сформулировать это словами довольно сложно. Но хорошая новость - это уже сделали до нас:

 
Read more... )
imbg: (Default)
Как и биоэтика, философия была извращена в моем ВУЗе до предела. Судя по отзывам всех остальных, кого я знаю - так было почти везде. Объяснять причины такого когнитивного диссонанса нет нужды, сегодня я расскажу о двух случаях, которые поменяли мое отношение к "науке всех наук".

О первой философской книге - Эрихе Фромме "Иметь или быть" - я прочитал в некогда печатавшейся газете от АиФ "Я молодой". Журналист Дмитрий Писаренко (он был там самый философствующий) мимоходом обронил, что эта книга изменила его взгляды на многое в жизни. Поскольку я был студентом, с доступом к библиотеке Львовского университета (какой интернет, это была середина 90-х) - я без труда нашел книгу и прочитал ее за три дня. 




Я до сих пор уверен, что это одна из лучших книг для того, чтоб начать заниматься философией. Эрих Фромм был учеником Фрейда, однако он занимался больше социальной философией, анализируя проблему человека и общества. Книга потрясающе раскрывает две философии жизни - духовную ("быть") против материальной ("иметь"). Ну например - купить книгу ("иметь", обладать ею материально) совсем не значит ее прочитать ("быть", иметь ее в голове, владеть ее мыслями, иметь знания). 

Цитата, которая меня тогда полностью покорила - я нашел ее прямо во введении - это описание нелогического поведения человека, который сам не знает что хочет, и от этого страдает:

...Мы представляем собой общество заведомо несчастных людей: одиноких, снедаемых тревогой и унынием, способных только к разрушению и постоянно ощущающих свою зависимость – людей, которые радуются, если им удалось как-то убить время, которое они так усиленно стремятся сэкономить...


 
К чести Фромма, он не просто обвиняет обывателя, но всей своей книгой показывает свой путь к переменам - как мы можем изменить нашу жизнь к лучшему. 

Мне эта книга очень помогла переосмыслить некоторые временные ценности: помните, какими идеалами нас кормили в 90-х. Но самое главное - эта книга раз и на всегда отбила у меня тухлый привкус университетского курса философии, который у большинства отбил желание ее изучать абсолютно.

Второй случай я допишу завтра - так как по привычке, пока искал цитату, я снова уткнулся в книгу. По опыту знаю - это я залип на всю ночь.

Эрик Фромм "Иметь или быть" на сайте philosophy.ru


imbg: (Default)
Интернетситет продолжает воспитывать в читателях дух исследователей.

Нашлось классное видео про то, как два PhD студента - Алекс Бейкер (Alex Baker) и Крис Роуз (Chris Rose) - отправили воздушный шар с камерой и GPS в космос - 37 км вверх, как раз между тропосферой и стратосферой. Кстати, примерно с этой высоты в свое время прыгнул с парашутом американский летчик-испытатель  Джозеф Киттингер (Joseph Kittinger) в 1960 году. 

Подробнее о работе по запуску - на сайте университета (ссылка).

 

Музыка этого ролика будет особенно приятна поколению, выросшем на мультиках "Ну, погоди"


Сегодня нам интересна финансовая сторона работы, представленной в фильме - то, что все сделано из подручных средств. Как пишут сами студенты, все затраты составили 350 фунтов. Съемки наверное. поводили сами ребята - немного потренировавшись, сегодня любой при желании может сделать видео подобного качества. И этого достаточно (мы уже горячо обсуждали вопрос - можем ли мы делать сами видео интереснее, чем фирменные науч-поп видео от ВВС и проч - ссылка)  

Мы рассказывали и о других малобюджетных исследованиях, которые в итоге пулбликовались в рейтинговых журналах, побеждая тривиальные работы с большими бюджетами (помните, например, про котиков, пьющих молоко). Вообще, соотношение цена/качество очень напоминает то, что происходит в киноиндустрии - не всегда супердорогой фильм интересно смотреть без поп-корна; и дешевый ролик может стать хитом.

Деньги на исследования нужны, и их всегда не хватает. Но без идей деньги не смогут спасти ситуацию. И идея студентов из ролика - это лучшая иллюстрация. Почему бы не запустить шарик в космос? Действительно, почему бы и нет, ведь для этого надо только несколько дней расчетов и неделя работы. Не надо особо ни денег, ни разрешений начальства - просто организоваться и начать делать. 

А вы знаете еще примеры хороших работ (которые в итоге дали престижные публикации или поражающими воображение результаты)? 

P.S. Кстати о том, как стратосфера манит энтузиастов - читайте в журнале "Популярная механика".

imbg: (Default)
Формат нашей ЖЖ-странички уникальный - поэтому все ее читатели это креативные инициативные представители бизнес-класса... Или, говоря по-русски, наши читатели относятся к людям творческим, а поэтому иногда они выступают друг перед другом с докладами.

 

Вы уже привыкли видеть здесь лучшие доклады с ресурса TED (помните - про язык бактерий, про коннектом, и про обезянок). Приятно видеть оратора, как бы играющего с огромной аудиторией, и в то же время не отвлекающийся на артистизм - люди просто и доходчиво объясняют дело их жизни. Вот бы и нам так научиться.

В интернете есть много советов, как вести доклад - в основном это высосанный из пальца бред для менеджеров среднего звена. Поэтому мы рады представить перевод статьи известного израильского ученого Ури Алона, которую он написал для журнала Molecular Cell. Будучи умным ученым, Алон сделал несколько простых и полезных подсказок, как вести доклад. Он не стал объяснять банальности, он не акцентировал на второстепенных вещах - только существенное. Наш перевод вы найдете по ссылке: "Как сделать хороший научный доклад". 

imbg: (Default)
Мы не зря критикуем наш журнал «Biopolymer and Cells» (например). Дело в том, что в наших широтах до сих пор гуляет вера в чудо – дескать достаточно опубликовать где-то в интернете какой-то файл – а дальше толпы жаждущих его сами отыщут, переконвертируют, и будут читать-читать-читать…

Научный мир в реальности несколько другой. Каждый журнал, желая поднять свой импакт-фактор на десятую доли, спамит электронные ящики по всему миру рекламой, проводит конкурсы, конференции, индивидуально приглашает авторов публиковаться. Вторая линия привлечения клиентов - это конечно качество контента: кроме скучных экспериментальных статей журналы публикуют как можно больше интересной и красочной информации, популярной и полезной литературы. В итоге тот, кто делает это лучше всех, и становится популярным журналом, читать который престижно! У нас такого пока не принято. Но это пока. Потому что уже появились мы.

В нашей рубрике интернетситет недавно мы давали подборку о серьезных научных работах: например, мы разобрали работу первооткрывателя надцарства архей Карла Вёзе (если хотите вспомнить, жмите на ссылку ). Если коротко, то Вёзе предупреждал: не увлекайтесь дроблением живого на части – это дает извращенную картину о мире. Приблизительно в то же время Крег Вентер совершил кругосветное плавание, в процессе которого «выловил» из вод пяти океанов генетическую информацию тысяч неизвестных ранее микроорганизмов (мы писали об этом).




И приблизительно в то же время в журнале «Biopolymer and Cells» (2008, N5) вышла необычная экспериментальная работа команды украинских исследователей под руководством член-корр. Виталия Арнольдовича Кордюма «Микромир живого – очевидность неочевидного».

Read more... )
imbg: (Default)

  Пару ней назад в комментарии к одному из сообщений в ЖЖ у ivanov_petrov я упомянул свою статью годовой давности. А сегодня он выделил ее в отдельный пост (ссылка), и в комментариях сразу завертелась интересная дискуссия.  

Речь
идет об упрощенном пересказе статьи Карла Вёзе и Нигеля Голденфельда «How the Microbial World Saved Evolution from the Scylla of Molecular Biology and the Charybdis of the Modern Synthesis» (Woese C.R., Goldenfeld N. (2009). How the Microbial World Saved Evolution from the Scylla of Molecular Biology and the Charybdis of the Modern Synthesis. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 73, 14–21).


Нет границ в свободном поиске. Наука — не место для догм. Учёный имеет право и обязан задавать любые вопросы, ставить под сомнение любые утверждения, искать любые доказательства, исправлять любые ошибки.

Я очень горжусь этой статьей, потому что готовил ее больше двух месяцев, при помощи коллег с Биомолекулы.ру. Все началось с того, что год назад в научных новостях я встретил ссылку на эту статью, и название естественно привлекло меня. Статья начиналась  приблизительно так:

Эта статья о том, как биология ХХ века фактически пренебрегла изучением наиболее важной проблемы биологии, а именно — эволюции. По сравнению с бурным прогрессом молекулярной биологии, изучение проблем эволюции и по сей день является делом второстепенным. До недавнего времени эволюция была разделом биологии, погрязшим в трясине мелкой схоластики, маскирующей тот факт, что развитие её застыло на уровне достижений прошлого века. Однако, дорогие читатели, не бойтесь: несмотря на такой пессимистичный старт, наш рассказ закончится хорошо. Новейшие данные микробиологии избавили биологию от прокрустова ложа догм, где она находилась так долго. 

Про одного из авторов статьи – Карла Вёзе – достаточно сказать, что он открыл надцарство Archaea. Карл Везе уже на том уровне, когда может открыто писать о таких вещах, о которых мало кто даже думает.

Распечатав статью, я взял ее на вечер домой, чтоб спокойно почитать. Однако это оказался твердый орешек, и за весь вечер я смог осмыслить только не больше половины. Когда на следующий раз, через пару дней, я приступил ко второй половине – понял, что уже забыл, о чем шла речь в начале.   

Мне очень хотелось понять, чем же старику не угодила вроде бы успешная молекулярная биология. Поэтому я решил написать короткий пересказ статьи, который впоследствии и вылился в популярную статью:

Молекулярная биология ошеломляюще быстро завоевала признание в рамках классического «ньютоновского» мировоззрения, вооружившись преимущественно редукционистским образом мысли. Хотя на словах всем очевидно, 
что, сложив вместе описания отдельных механизмов, автоматически целого не получишь, — всё же большинство открытий сделано именно в этом приближении. 

В этом «ньютоновском» мире биология стала как бы производной отраслью физики, по сути — инженерным делом без каких-либо фундаментальных задач. Биология стала наукой о биологических машинах, их частях и взаимодействиях этих частей, упражняясь в описаниях, но не объясняя сути объектов.

Однако предназначение биологии состоит не в доскональном описании объектов как моментальных снимков, а в философско-эволюционном понимании феномена их существования. Биология изучает не то, что есть, а то, что является. Другими словами, мы должны стараться ответить на вопрос — что есть жизнь? В какой момент неживые органические молекулы образуют живую материю? Понять этот качественный скачок в организации природы невозможно, лишь изучая составляющие её детали по отдельности. Для нас прелесть макромолекулярного мира состоит в поразительном факте его существования при всей его невероятной сложности. Сейчас молекулярная биология повторяет путь физической науки на прошлом рубеже веков: когда старая, классическая физика уже не могла подступиться к проблемам нелинейного мира из-за его переменчивости, когда простого описания статического мира частиц с линейными связями между ними стало недостаточно.


В целом, это глубокая философская статья, где рассматриваются совсем не стандартные для сегодняшней науки вопросы. И в то же время эта статья написана людьми, которые видят наш мир гораздо глубже, чем каждый из нас. И поэтому я рад, что через год статья снова привлекла к себе внимание. 

Вы можете вспомнить, что было год назад у нас (ссылка на Биомолекулу), а можете присоединится к свежей дискуссии с нашим участием в журнале
ivanov_petrov.
 
imbg: (Default)
Распространение различных форумов в интернете, а также возможность свободного комментирования подростками сообщений от взрослых дядей, сделал понятие «комментарии к сообщению» чем-то почти неприличным. Например, вы можете видеть, что работники нашего института стараются не комментировать наши сообщения. Понять их можно – любой обоснованный комментарий можно извратить и выставить оппонента круглым дураком. Кроме того, хороший комментарий требует подготовки, иногда на это уходит несколько дней. Главный вопрос – а зачем на это тратить время? Никто наверное не сможет вспомнить, был ли он когда-либо переубежден кем-то в комментариях…
 

Республиканцы и демократы в США - это две непримеримые партии. Ролик построен на том, как воспользовавшись правилами детской игры
JINX
, республиканец и демократ провели чудесный день - непримиримая политическая позиция еще не означает неуважения!

 Однако если вы серьезно относитесь к подбору своей аудитории – у вас есть шанс возродить сам дух науки, и встретить достойного оппонента. Я хочу обратить внимание читателей на замечательно корректный спор, который возник с пользователем [livejournal.com profile] vladimirmatveev у нас на Биомолекуле. Я до сих пор не признаю его теорию, и во время споров несколько раз выходил из себя, потому что считаю его позицию чушью – однако наш оппонент в споре проявлял чудеса, не давая дискуссии всякий раз оборваться.  

Если коротко – спор возник как-то сам по себе: товарищ [livejournal.com profile] vladimirmatveev  утверждает, что на самом деле Na/K АТФаза не является насосом, т.е. не участвует в создании градиента ионов калия и натрия. И выдвигает свою интересную гипотезу (которую лично я ну не могу признать абсолютно), а также условие, при котором он признает свое пораженье. Сразу скажем. что его условие мы выполнить не смогли - слишком оно хитро-закрученное. Но что я могу признать – так это то, что за последние годы это наверное самая интересная и познавательная интернет-дискуссия, которую я встречал. 

Прошу учится, как сохранить научный стиль даже в комментариях к спорной заметке: Природа лженауки. Теория серой зоны. С сегодняшнего дня мы приветствуем подобные диспуты и у нас в журнале!

P.S. Поскольку мы с Владимиром Владимировичем беседуем уже несколько недель, структура комментариев чуть нарушена.

P.S.S. Также оказалось, что наш оппонент - профессионал в интернет-дискуссиях: вот ссылка на его эссе "ПУБЛИЧНЫЕ ДИСКУССИИ".   

Profile

imbg: (Default)
Neo-IMBG

February 2015

S M T W T F S
1234567
891011121314
15161718192021
2223 2425262728

Syndicate

RSS Atom

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jun. 27th, 2017 07:01 am
Powered by Dreamwidth Studios