imbg: (Default)
Абсолютно неожиданно для себя выступил в роли защитника религии от ... молодых ученых!

Не так давно в Biology Direct вышла статья-гипотеза с идеей о том, что религиозные ритуалы могут вызываться микробными инфекциями *.

Там же сегодня вышла моя статья с критическим анализом гипотезы. Тезисно:

1. Гипотеза "мидихлориан" не есть научной гипотезой, а значит на данном этапе не может конкурировать с социологическими/культурологическими теориями происхождения и развития религиозных ритуалов. Что, конечно же, не исключает ее принципиальной возможности.

2. Пойдя от обратного - т.е. допустив возможность существование связи микробов и религиозного поведения - получаем ряд противоречий с некоторыми существующими фактами. Странно, что авторы не произвели подобной проверки собственной теории перед тем, как опубликовать ее.

Мой вывод: микробы не являются каким-либо существенным регулятором религиозного поведения. Для интересующихся - ссылка на саму статью.

P.S. Должен поблагодарить авторов самой гипотезы, так как получил огромное удовольствие от возможности применения в реальной научной жизни философских методов, вбитых в голову и благополучно пылящихся там со времен университета! Ego cogito!

* - несколько обобщенное описание сути статьи с моей точки зрения
imbg: (Default)
Наша лаборатория выпустила новую статью.



В контексте ЖЖ тут  интересна не сама сказка, сколько присказка - как эта статья публиковалась. Два (!) года назад она была написана в первоначальном виде. Нам показалось, что статья получилась отличной - есть там и молекулярная биология, и нокаутные мыши, и актуальное сейчас воспаление кишечника крепко связывалось с присутствием или отсутствием экспрессии одного гена. В общем, ничтоже сумняшeся, отправили мы манускрипт в Nature Medicine.

Редактор ее принял благосклонно, и отправил на рецензию. Месяц ждем, второй. Рецензия пришла злая - то фи, это фи, тут добавить, тут убрать, в общем нам не нравится. Обидно было, что некоторые (при чем, основные) замечания были не  очень справедливы. Например, мы моделировали воспаление кишечника у мышей соединением DSS (производное декстрана) - этот полисахарид царапает стенки кишечника и не переваривается, картина получается адекватна человеческому воспалению. Это такой же стандарт, как аллоксановый диабет у крыс, и используется весьма уважаемыми учеными. 

Однако один рецензент, гвоздь ему в голову, уперся - неадекватная модель и все тут. А сделайте вы лучше cecal ligation and puncture (CL&P). Тогда поверим. CL&P,  для тех кто не знает, процедура проще некуда - берется мышка, под наркозом разрезается пузико, достается тонкая кишка, перевязывается ниткой (модель запора), и несколько раз протыкается иголкой, чтоб содержимое кишки попало в брюшную полость и вызвало заражение. После мышку аккуратно зашивают, выводят из наркоза и недельку-другую наблюдают на предмет температуры и общего состояния. И так 10 раз (в смысле, 10 мышей прооперировать, чтоб статистика не ругалась). И еще 10 раз - с нокаутными мышками. Всего 20 операций. Спасибо хирургам из соседнего отдела, предоставили все необходимое и активно помогли...

Результат - наша теория укрепилась, 
CL&P полностью подтвердило - без гена нашего кранты, не может иммунная система остановится когда надо - уже ни одной бактерии нет в брюшной полости, а у нокаутных мышей воспаление полыхает что твой Майдан! Кстати, интересно, что из 10 здоровых мышей после всех издевательств 6 выжили и выздоровели - нитку перегрызли ферментами и макрофагами, дырки в кишках заштопали!

Прошло полгода. С грехом пополам большую часть требований выполнили, остальные как могли устранили окольными способами. Шлем статью обратно. Месяц ждем, второй. Приходит ответ - все равно нам не нравится. Тут статистика не такая, да и новизна как-то статьи не радует. Давайте, подрихтуйте тут и там, и присылайте.

Рихтуем, пересчитываем, перефразируем - три месяца пролетело. Шлем обратно. Месяц ждем, второй. Приходит короткая рецензия - нам не нравится, новизны нет, а мы журнал элитный - в общем получите отказ, файлы все мы удаляем, good bye!

Поплакала первый автор, шеф смурным походил - делать нечего, прощай Nature! Пошли к тем, кто попроще. Естественно, после всех кульбитов с доработками статья уже была на порядок качественнее, опубликовать ее долго времени не  заняло. Однако те год-полтора бодания с Nature научили нас тому, что ни в одном университете не скажут.

Всегда стоит держать в уме, начиная новую тему, что качественно сделать историю и написать на хорошем языке не достаточно. История должна быть абсолютно новой. Мы ранее еще публиковали, что наш ген в клетках ингибирует иммунный ответ. Кроме того, геномные скрининги показали,что он участвует в росте опухолей. В новой статье мы подтвердили оба факта, использовав уже мышей с нокаутом этого гена, и показали те же эффекты на организменном уровне. Оказалось - нет, новизны тут нет, это формально говоря - доработка результатов. Вот если б на мышах была показана предрасположенность скажем к диабету или сердечно-сосудистым заболеваниям - тогда это новое направление. А так - высоко-импактовым журналам история не интересна. Хороший урок.
 
imbg: (Default)
Давал презентацию своего патента фирме Merck по телефону. В процессе агитации коснулся, что наш приборчик для проявки вестрен блоттингов круче всех конкурентов, которые уже есть на рынке. С особым вкусом остановился на том, что конкуренты для своих машин предлагают видоизменять протоколы, что всегда очень болезненно для  лабораторных работников.

Уточнил, что мы недавно тестировали несколько приборов - все они не прижились, покупать не стали.

Робкий голос "из зала":

- А вы пробовали SNAP от Миллипора?
- Пробовал - отвечаю, - фигня...



И что-то в моем мозгу всколыхнулось. Merck кажется ж недавно купил Millipore. Т.е. сейчас я наверное говорю с людьми, которые выпускают этот самый SNAP. Отступать уже было некуда - пришлось идти дальше, говорить что прибор дескать ваш замечательный, но люди не принимают изменений - мужики-с. В общем, как-то сгладил свою грубость, уж как сумел.

Блин.

P.S. А прибор действительно какой-то левый, я его поганял пару раз - и как-то не пошло, примитивные анти-актиновые антитела криво сели на мембрану, поэтому больше я его и не пробовал.
imbg: (Default)
Проработав достаточно в академических институтах, я решил попробовать себя в фармацевтических компаниях. Т.е. продолжать исследовательскую работу (то что называется research and development), но не в рамках академии, т.к. рамки оказались довольно жесткими, и без тех перспектив что я б желал.




Я знаю что среди читателей есть люди, работающие в фармкомпаниях и рядом. Не могли бы вы в комментариях в общих чертах рассказать свои впечатления о работе, как вы ее нашли и получили, что важно и что не очень, а также возможно вы сможете дать конкретные советы куда лучше всего податься податься молекулярному иммунологу (интересует не столько деньги, сколько перспективность и глубина научных разработок)? 

Если кому есть что сказать, но не охота себя афишировать - пишите в личку. Но открытые комментарии наверняка будут интересны не только мне, но и другим нашим читателям.
imbg: (Default)
Аутофагия — это процесс, с помощью которого эукариотические клетки утилизируют свои внутренние компоненты, «переваривая» их ферментами лизосом. Это непрерывный процесс, поддерживающий баланс между синтезом и деградацией и обеспечивающий необходимые условия для нормального клеточного роста, развития и смерти.

В этой статье мы обобщаем понятие аутофагии до общего принципа работы живых систем и предлагаем термин протофагия для обозначения прокариотических процессов, подобных аутофагии. 



Это адаптированный перевод оригинальной статьи, вышедшей недавно в журнале Autophagy. 

Традиционно, полная версия - на биомолекуле - "Аутофагия, протофагия и остальные"


Под катом несколько основных выдержек:
Read more... )

imbg: (Default)
Вышла новая статья, написанная двумя украинскими  авторами (хотя один из них и сидит в Далласе, но это не главное). Особо приятно, что на данную работу не потрачено ни единого доллара - простой анализ литературы и немного фантазии - вот и получилась интересная гипотеза, которую согласился опубликовать журнал "Autophagy".

Редактора не смутило даже то, что в завершение статьи нахально вводится новый термин - протофагия - которым предложено называть всевозможные варианты бактериальных каннибализмов, альтруизмов, и прочих автолизисов. Т.е. оказалось, что можно считать все эти процессы аналогами автофагии - и обозначать соответственно.



Любителям читать оригинал - "A bird's-eye view of autophagy" (если недоступен, пишите свой электро-адрес в личку)

Кто предпочитает упрощенную версию на русском - мы как раз заканчиваем перевод для Биомолекулы и напишем, скоро будет
опубликован.

Традиционно через пару дней будет пост о том, как статья писалась (вот прошлый обзор).

P.S. В формате данного поста уместно упомянуть, что кроме авторов еще два человека были вовлечены в процесс написания, но по разным причинам не вошли в число авторов - это Андрей Немченко и Олег Волков.
imbg: (Default)
 Наша лаборатория выпустила новую статью. Тема статьи настолько узко-специфична - речь там о молекулярке воспаления - что рассказывать о ней не имеет смысла. Тем не менее, рассказать можно историю о том, как эта работа получилась.

Белок CCDC22 привлек наше внимание после того, как он независимо всплывал в различных масс-спеках - он оказался общим кофактором для 10 разных белков, с которыми мы работаем (мой шеф получил эту лабораторию, открыв группу из 10 гомологичных белков - COMMD1-COMMD10). Беда в том, что функции ни COMMD белков, ни тем более CCDC22 почти не известны - первые служат адапторами для убиквитинилирования, а второй имел только имя.



Стандарная рутинная работа - оверэкспрессия белков и сиРНК нокауты - показали что таки да, CCDC22 тоже принимает участие как адаптор в убиквитинилировании IkB белка - регулятора воспаления. Однако дальше этого факта, довольно туманного по своей природе, пойти не удалось - ведь вся работа велась на клетках, сиРНК к CCDC22 довольно токсичны, и размаха работа не получила. Худо-бедно скомпонованная история была отправлена в JBC. Для непосвященных поясню, что в последнее время журнал JBC, некогда довольно сильный, выступает в роли кладбища многообещающих работ: туда шлют все работы, которые застряли на полпути, и опубликовать в приличном журнале их нету шансов.

Read more... )
imbg: (Default)
В конце года истекает мой срок пост-дока. После этого открывается широкая дорога дальше. Мне по вкусу академическая наука, однако ходят слухи что для молодых профессоров сейчас в США лихая година.



Мне нравится идея получать больше денег в биотехе, но желательно на Scientist позицию - я не против работать руками, но все-таки хочется отрываться от стола и самому определять направление работы. Но говорят, что и биотех занемог сейчас.

Я был бы не против приехать в Сколково и организовать там самую-самую молодежную и продвинутую лабораторию. Но я не могу разобраться, что такое Сколково.

В общем - хотите поговорить об этом?
imbg: (Default)
Соавтор статьи прислал свои замечания (не значительные), закончив письмо потрясающей фразой:

"I hope you'll find my suggestions helpful and please don't hesitate to ignore them if they aren't." 



Заучу фразу напамять - буду сам модничать потом!
imbg: (Default)
В общем, месяц назад свершилось то, о чем так долго говорили в нашем блоге (раз, два, три, четыре) - десяток-другой ведущих нейробиологов подписали декларацию о том, что животные обладают сознанием, и не фиг думать что они (животные) тупые биологические роботы. И даже осьминоги.


We declare the following: “The absence of a neocortex does not appear to preclude an organism from experiencing affective states. Convergent evidence indicates that non-human animals have the neuroanatomical, neurochemical, and neurophysiological substrates of conscious states along with the capacity to exhibit intentional behaviors. 

Consequently, the weight of evidence indicates that humans are not unique in possessing the neurological substrates that generate consciousness. Nonhuman animals, including all mammals and birds, and many other creatures, including octopuses, also possess these neurological substrates.”


imbg: (Default)
Нашел на Youtube фильм "Михайло Ломоносов" - целиком (11 часов). В свое время он произвел на меня решающее влияние - я пошел грызть науку вместо того, чтоб продавать сигареты - 90-е года, помните: такая альтернатива тогда воспринималась всерьез. 

Шутки ради, вставляю фильм сюда:


Никто не подскажет, есть ли возможность его скачать на компьютер из Youtube? Традиционно используемый RealPlayer отказывается это делать.
imbg: (Default)
Все ближе день открытия нового конкурса научно-популярных работ на Биомолекуле, и все больше людей собирается в нем участвовать,что приятно. Как вы знаете, реклама на сайте БМ и тут, на нашей страничке, используется исключительно в мирных целях - для пополнения призового фонда, и не используется  авторами для покупки яхт (ни игрушечных, на радиоуправлении, ни настоящих, с женщинами и мартини).



Один из наших возможных спонсоров - китайский сайт нонамов DinoDirect. С присущим Востоку хитроумием, денег напрямую они нам не дают, но предлагают дать на них специальную ссылку, покупки через которую автоматически дадут нам какой-то гешефт. Т.е. они предлагают нам на практике доказать эффективность нашего рекламного потенциала. 

В целом таких сайтов пруд пруди, и вспоминать о нем и не стоило бы, если б не одно но. Я уже давно закупаюсь техникой именно там, устав от того, что в моих руках ломаются все брендированные супер-пупер аппараты. Во всех моих лаптопах Toshiba (три штуки в течении 3-х лет), купленных в разных странах со всеми гарантиями,  батарейки дохли  за неприлично короткий срок! Купленный у диллера iPhone помер через месяц после того, как я уронил его с детской высоты на ковер. И так далее.

В общем, я плюнул на бренды и начал пользоваться китайскими безымянными продуктами. И это мне очень понравилось. Во-первых, начинка у них спионерена ведущих производителей (напр. Samsung в моей таблетке). Во-вторых - это все стоит в разы дешевле. В-третьих - техподдержка у них, хоть и с орфографическими ошибками, но работает на уровне. В-четвертых - они принимают любые платежи включая Яндекс-Деньги и Веб-мани. 



На сегодняшний день я владею таблеткой нонам (работает без проблем) и клавиатурой под нее (гениальный способ подключения через обычный провод), спортивными наушниками и наконец, отличным телефоном с невиданными характеристиками за полцены (они там напутали с другим заказом, поэтому в итоге дали мне 50% скидки на следующий заказ). Телефон был куплен за ту же сумму, за которую я продал в утиль поломанный iPhone. Вот комплект:



В общем и целом, если вы не работаете в модном учреждении, где без iPhone 5 нельзя никак , то рекомендую скупаться именно у китайцев - качество то же самое, а платить надо в разы меньше. С доставкой в любую страну без проблем, хотя я не пробовал для России или Украины - хотя смотрите сами.

Если хотите просто посмотреть или купить - вот прямая ссылка - DinoDirect (это не реклама, а рекомендация).

Если вы хотите, купив что-то, помочь материально Биомолекуле и обеспечить призами наших конкурсантов - тогда заходите на сайт через специальную ссылку с линком на нас - DinoDirect+  (а вот это реклама). 

Если пройдет хоть одна покупка, лого DinoDirect появится у нас в списке спонсоров конкурса. В конце конкурса мы опубликуем список полученных платежей.
imbg: (Default)
 Наконец у меня дошли руки выложить видео, которое я записал в Далласком зоопарке. Там живет колония удивительных животных-суперменов: голых землекопов (Naked mole rat).

Здесь я дам короткую выдержку из Википедии, но прочитайте всю статью - это невероятные существа. Для затравки:

1.  Голый землекоп живет в среднем до 26 лет (для сравнения: мыши - около 1-3 года). При такой продолжительности жизни они абсолютно не подвержены образованию раковых опухолей, благодаря двойному защитному механизму, контролирующему рост клеток. Это является одной из причин столь рекордной для грызунов продолжительности жизни. 

2. Клетки кожи голого землекопа лишены нейротрансмиттера, известного как «вещество P», которое отвечает за передачу болевых импульсов в центральную нервную систему. Поэтому голые землекопы не чувствуют порезов и ожогов.

3. Клетки кожи голого землекопа нечувствительны к кислоте даже при pH менее 3,5. Кроме кислоты, кожа землекопа нечувствительна также к капсаицину, придающему жгучую остроту перцу чили.

4. Голые землекопы отличаются терпимостью к большим (смертельным для других животных) концентрациям углекислого газа.

5. Им свойственна асимметрия тела. Так, у самок зачастую 11 сосков — 5 на одной стороне тела и 6 на другой.  

6. Голые землекопы не пьют воды и питаются почти исключительно клубнями растений.

7. Нейроны голых землекопов способны полностью восстановить свою функцию после более чем получасового кислородного голодания, что в 6 раз превосходит аналогичный период для обычных мышей (имеющих те же размеры). Это вообще рекорд для млекопитающих. Голые землекопы сохранили на всю жизнь способность сопротивляться нехватке кислорода, которая у человека наличествует только в самом начале жизни, при родах.

8. В отличие от большинства млекопитающих землекопы не способны поддерживать постоянную температуру тела, и она колеблется в зависимости от температуры окружающей среды. Они замедляют потерю тепла, собираясь большими группами, а также подолгу греются в близких к поверхности туннелях.

9. Потомство в колонии приносит только самка-королева. Она спаривается лишь с несколькими фертильными самцами, и их отношения остаются постоянными на протяжении многих лет.




imbg: (Default)
Может случайно кто-нибудь занет какой-нибудь реагент особый, чтоб трансфецировать siRNA Б-лимфоциты (B-LCL, EBV-immortalizated). Вирус с shRNA в данном эксперименте не подходит  по этическим и религиозным причинам. Нужно именно siRNA и именно в Б-лифмоциты. А они, звери,вроде ввобще ничем не трансфецируются кроме электропорации, которой у нас нет.


Картинка по запросу LCL - негритоска работы Бенуа, 1800

А я пошел видео на завтра выберу. Что положить - классику или что-то легкое?

Facebook

Jan. 15th, 2012 07:41 pm
imbg: (Default)
Кстати обновил свой фейсбук - оказывается, там поменялись темы! - Facebook new look!



Чтоб два раза не вставать - остальные мои ресурсы (копируют ЖЖ):


Oригинально все тексты публикуются на Dreamwidth.

Facebook и Twitter - короткие абстракты выстреливаюти туда. Наверняка по ним вы найдете наши последние сообщения.

Кроме того, можно настроить RSS на вещание нашего журнала:

RSS для всего подряд - http://imbg.livejournal.com/data/rss

RSS для получения только научных новостей - никаких картинок, образовательного видео и сообщений про науку вообще - только молекулярно-биологический хард-кор - http://imbg.livejournal.com/data/rss?tag=science%20news

RSS для получения только популярных новостей - никакой высокой науки, понятными словами о том, чем биологи занимаются в рабочее и не рабочее время. Рекомендуется интересующимся наукой и просто для отдыха (например, можно прописать в IPad'е своей бабушки или в BlackBerry младшего брата) - http://imbg.livejournal.com/data/rss?tag=non


RSS каналы нашего научно-популярного сайта Биомолекула.ру, который всегда рад новым друзьям: http://biomolecula.ru/rss/

imbg: (Default)
... На дворе был конец 90-х. Лаборатория. Ночь. Два студента и стол, уставленный с пол-дюжины разнокалиберных стаканов с дешевым чаем "Липтон" одинаковой крепкости - цвет темно-коричневый. Эксперимент повторяется уже второй раз, не смотря что завтра экзамен по биоорганике.



Лимон, соляная и серная кислота, уксус, цитрат натрия и еще пара аналогичных реактивов. Все по капельке добавляется в соответствующие стаканы. Цвет чая немедленно просветляется. Так и есть - закисление рН приводит к тому, что чай светлеет -что всегда наблюдается, если положить в чай ломтик лимона. Действующее начало лимона определено - это лимонная кислота. Теперь домой - по шпалам, т.к. трамваи уже не ходят, а денег на такси в те времена не было никогда...

Это был один из моих первых внятных экспериментов - когда я сам заметил феномен, сам выдвинул гипотезу и придумал эксперимент для его обьяснения. Оставалось лишь одно - найти имя компонента чая, который меняет цвет при повышении концентрации водорода. Но интернета тогда не было, а поиск в студенческой библиотеке - по бумажному каталогу - так и  не  принес никакого результата. Окончательное решение пришлось отложить.

Наши дни. Обремененные тяжестью дипломов и лаптопов пост-докторанты пьют чай. Случайно в поле зрения попадает лимон. Вот оно! Аптека. Улица. Фонарь. Чай. Лаптоп. Google. И,  прождав 10 лет, я наконец получаю ответ - как это просто сегодня.

Антоцианы — окрашенные растительные гликозиды, содержащие в качестве агликона антоцианидины - замещенные 2-фенилхромены, относятся к флавоноидам.

Тут надо объяснить, что  гликозиды вообще состоят из двух частей: углеводного (молеула пиранозидного или фуранозидного сахара) и неуглеводного фрагмента (т. н. агликона). Вот в чае этот самый агликон имеет приблизительно такую формулу:



Именно они, эти антоциановые гликозиды, и делают чай коричневым при нейтральных рН и янтарным при закислении чая лимоном. Кроме чая, они дают окрас чернике, винограду, тутовым ягодам и т.п. Также они дают окрас некоторым цветам, таким как красный мак.
imbg: (Default)
У меня есть список мРНК (очень большой), полученный из нормальных и больных животных. Они посчитаны количественно, и лежат у меня в экселе в виде стандартного микроаррея. 



Что я хочу: мне недосуг возиться и группировать эти гены, потому что я ищу нечто другое. По моим данным, у больных животных должен быть нарушен рециклинг каких-то рецепторов - одного или нескольких. Если рецептор постоянно активный - он будет увеличивать присутствие каких-то определенных генов, что я и смогу обнаружить, взглянув под правильным углом на мои данные.

Вот одно только затруднение - рецепторов много, и напамять я помню гены только двух-трех путей. Кроме того, разные гены активируются многими рецепторами, просто с различной активностью. И даже определив, что у меня поднялись концентрации генов воспаления (допустим), я не приближусь к ответу, потому что мне нужен конркретный рецептор - его название. А рецепторов воспаления более 30.

Мой вопрос - есть ли в сети какой-нибудь сайт, куда вбиваешь список генов,а тебе в ответ: "Да у вас инсулиновый рецептор залип на поверхности, товарищ!" 

Я понимаю, что постановка вопроса довольно футуристична, ну а вдруг.
imbg: (Default)
Кстати если кому-нибудь нужен инвайт на  Dreamwidth.org, оставьте тут комментарий - у меня есть один бесплатный код, который мне не нужен.



У меня уже давно есть второй аккаунт-дублер по адресу imbg.dreamwidth.org, чего и вам желаю.

UPD: все, код взяли, аукцион закончился.
imbg: (Default)

Будучи в Израиле, мне удалось скомпоновать патент. Суть, если коротко - создать машинку, которая бы автоматом обрабатывала б мембраны вестерн-блоттингов. При чем, чтоб ускорить это дело в разы, мы (то бишь я) предложили использовать ультразвук. Получилось нечто такое: (WO2011013123) ULTRASOUND ASSISTED IMMUNOASSAY.


BenchPro™ 4100 Western Processing System

Ничего сложного, учитывая мощную патентную службу, которая берет весь труд (и почти всю будущую прибыль) на себя. Однако теперь пришла пора его продавать, и хваленая служба почему-то не особо чешется, а с месяц назад так просто прислала мне письмо - мол, не найдешь ли нам, кому продать твою писанину, а то у нас и так дел по горло? 

Такой нехваткостью они меня расстроили, но все-таки я решил попробовать найти инвестора. Нумер первый, конечно, это Инвитроген - потому что у них есть похожий агрегат. Кстати, он для красоты и представлен на рисунке выше. Но я боюсь, что "профессионалы" не смогут договориться. И тогда придется искать других людей.

Нет ли у кого из компетентных читателей идей, куда пристроить самоговорящую  машину для отмывки блотов нового поколения? Буду весьма благодарен, при чем не корысти ради, а только чтоб от меня отстали назойливые патентоведы.

Profile

imbg: (Default)
Neo-IMBG

February 2015

S M T W T F S
1234567
891011121314
15161718192021
2223 2425262728

Syndicate

RSS Atom

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jun. 27th, 2017 06:59 am
Powered by Dreamwidth Studios