Neo-IMBG

Рабочее

2014-04-17T00:45:49Z

Наша лаборатория выпустила новую статью.

В контексте ЖЖ тут интересна не сама сказка, сколько присказка - как эта статья публиковалась. Два (!) года назад она была написана в первоначальном виде. Нам показалось, что статья получилась отличной - есть там и молекулярная биология, и нокаутные мыши, и актуальное сейчас воспаление кишечника крепко связывалось с присутствием или отсутствием экспрессии одного гена. В общем, ничтоже сумняшeся, отправили мы манускрипт в Nature Medicine.

Редактор ее принял благосклонно, и отправил на рецензию. Месяц ждем, второй. Рецензия пришла злая - то фи, это фи, тут добавить, тут убрать, в общем нам не нравится. Обидно было, что некоторые (при чем, основные) замечания были не очень справедливы. Например, мы моделировали воспаление кишечника у мышей соединением DSS (производное декстрана) - этот полисахарид царапает стенки кишечника и не переваривается, картина получается адекватна человеческому воспалению. Это такой же стандарт, как аллоксановый диабет у крыс, и используется весьма уважаемыми учеными.

Однако один рецензент, гвоздь ему в голову, уперся - неадекватная модель и все тут. А сделайте вы лучше cecal ligation and puncture (CL&P). Тогда поверим. CL&P, для тех кто не знает, процедура проще некуда - берется мышка, под наркозом разрезается пузико, достается тонкая кишка, перевязывается ниткой (модель запора), и несколько раз протыкается иголкой, чтоб содержимое кишки попало в брюшную полость и вызвало заражение. После мышку аккуратно зашивают, выводят из наркоза и недельку-другую наблюдают на предмет температуры и общего состояния. И так 10 раз (в смысле, 10 мышей прооперировать, чтоб статистика не ругалась). И еще 10 раз - с нокаутными мышками. Всего 20 операций. Спасибо хирургам из соседнего отдела, предоставили все необходимое и активно помогли...

Результат - наша теория укрепилась, CL&P полностью подтвердило - без гена нашего кранты, не может иммунная система остановится когда надо - уже ни одной бактерии нет в брюшной полости, а у нокаутных мышей воспаление полыхает что твой Майдан! Кстати, интересно, что из 10 здоровых мышей после всех издевательств 6 выжили и выздоровели - нитку перегрызли ферментами и макрофагами, дырки в кишках заштопали!

Прошло полгода. С грехом пополам большую часть требований выполнили, остальные как могли устранили окольными способами. Шлем статью обратно. Месяц ждем, второй. Приходит ответ - все равно нам не нравится. Тут статистика не такая, да и новизна как-то статьи не радует. Давайте, подрихтуйте тут и там, и присылайте.

Рихтуем, пересчитываем, перефразируем - три месяца пролетело. Шлем обратно. Месяц ждем, второй. Приходит короткая рецензия - нам не нравится, новизны нет, а мы журнал элитный - в общем получите отказ, файлы все мы удаляем, good bye!

Поплакала первый автор, шеф смурным походил - делать нечего, прощай Nature! Пошли к тем, кто попроще. Естественно, после всех кульбитов с доработками статья уже была на порядок качественнее, опубликовать ее долго времени не заняло. Однако те год-полтора бодания с Nature научили нас тому, что ни в одном университете не скажут.

Всегда стоит держать в уме, начиная новую тему, что качественно сделать историю и написать на хорошем языке не достаточно. История должна быть абсолютно новой. Мы ранее еще публиковали, что наш ген в клетках ингибирует иммунный ответ. Кроме того, геномные скрининги показали,что он участвует в росте опухолей. В новой статье мы подтвердили оба факта, использовав уже мышей с нокаутом этого гена, и показали те же эффекты на организменном уровне. Оказалось - нет, новизны тут нет, это формально говоря - доработка результатов. Вот если б на мышах была показана предрасположенность скажем к диабету или сердечно-сосудистым заболеваниям - тогда это новое направление. А так - высоко-импактовым журналам история не интересна. Хороший урок.

comments

Проточная цитометрия для чайников

2011-11-09T01:36:33Z

Есть классный метод в биологии - проточная цитометрия, хотя привычнее он звучит как flow cytometry.

Метод позволяет поштучно подсчитать популяции из миллионов клеток на предмет размера или наличияя каких-либо детерминант. Метод абсолютно незаменим в иммунологии, ну и другие им не брезгуют. Кстати мы об этом методе уже удивлялись - ссылка на то, какие клетка может выдержать перегрузки.

Сам метод - как велосипед - научится легко, но понять и отточить навыки можно только с практикой, при чем длительной. И вот для тех, кто хочет понять саму суть работы, чтоб ~~потом щеголять перед абитуриентками биофака~~ при интервью с профессором не упасть в грязь лицом, очень полезное видео на сайте Invitrogene - Learn about the principles of flow cytometry . Рекомендую смотреть не в Opera (у меня запустилось в Chrome).

Кстати там есть еще четыре презентации - все по флуоресценции - ссылка на учебники.

comments

Анекдот про проклятие старых компьютеров

2011-09-08T21:22:36Z

В догонку к прошлому сообщению о компьютерах в СССР вспомнился мне чудный анекдот, который любил нам рассказывать наш математик в университете. Он рассказывался как история, которая случилась на кафере математики одного ВУЗа, но на сколько это правда, и правда ли вообще - сие остается загадкой. Однако сама история, даже если она и выдумана, прекрасна и поучительна. Положим ее в нашу рубрику познавательного - интернетситет. Потому что помните - загадочные и мистические события могут иметь простое и неожиданное обьяснение.

Итак представьте: первые огромные машины (как на фотографии), а программирование только набирает силу. Программистами идут самые передовые, самые перспективные студенты и ученые: те кому чужды суеверия; те, кто каждую проблему решает только с позиции материализма и математики.

И тут обнаруживается дикая вещь - если в комнату с работающим компьютером-шкафом зайдет девушка, компьютер начинает работать не стабильно. Получается какая-то мистика - компьютеры "чувствуют" женское присутствие, и "отвлекаются" на них в ущерб точности расчетов.

Когда набралась "статистика" и от этого уже не получалось просто отмахиваться, пошли обычным средневековым путем: женщин перестали пускать к работающим компьютерам - хоть суеверия нам чужды, но так спокойней. И действительно, ситуация улучшилась - без женщин компьютеры работали снова стабильно. Особые интеллектуалы заговорили загадками - мол мы видим зарождение ИИ - искуственного интеллекта. Как он мог зародиться в груде проводов, что это такое, и почему Оно возбуждается на женщин, а не на стулья, карандаши или штукатурку - обьяснить никто не брался. Но факт оставался фактом.

Решение мистической задачи было, как всегда, изящным и до смешного неожиданным. Напомним, что в это время только появились и сразу вошли в моду синтетические ткани - нейлон, лайкра, кримплен, винил, дралон и прочие “-лоны”, “-ланы”,”-лены”. Одежда преобразилась - и конечно самые прогрессивные девушки (а с компьютерами другие и не работали) стали тут же носить все их синтетики - и белье, и платья - т.е. все самое модное и прогрессивное. При движении ткани терлись одни об другие - и вырабатывалось довольно много статического электричества. Не знаю, какая разность потенциалов при этом вырабатывалась, но первые хрупкие компьютеры сходили с ума именно от этого.

Когда женщин-программисток переодели в хлопок, компьютеры перестали на них отвлекаться. Мистическая загадка была разгаданна - и жизнь пошла своим чередом, без ненужных забобонов и суеверий.

Вот такая история - хотите верьте, хотите нет.

comments

Детское творчество

2011-09-03T02:58:33Z

Давно у нас не було детского творчества. Напоминаю условие: ваши дети для собственного развития делают научную работу, мы ее публикуем, а наши читатели ее критикуют - при чем давайте это делать по сути, понятными словами (и конечно же без политики или спама), но объективно и без сюсюканья. Наша цель - дать ребенку возможность построить и описать эксперимент, похвалить и указать на то, как можно будет сделать еще лучше, а также научить быть критичным к самому себе.

Примеры работ (там пока только одна) - по тегу child.

А сегодня у нас разговоро о нанотехнологиях. Именно так. Мы публикуем работу Бардина Петра Алексеевича, 2004-го года рождения. Петр живет в Пензе, и поступает в 1 класс "А" МАОУ многопрофильной гимназии №13 г. Пенза, и он с детства увлечен темой прогресса и передовых технологий. Тема его работы очень созвучна с нашими недавними философскими публикациями, поэтому сейчас для ее публикации - самое время:

Детское творчество
Срочное сообщение

«Мысль как новый наноэлемент»

Петр Алексеевич Бардин, 7 лет

Наномир – это невидимый мир, то есть такой маленький, что его не видно человеку. Наши мысли тоже невидимые, но они есть. Они просто очень маленького размера и они повсюду. Ведь не зря говорят: «мысль висит в воздухе», «наговорить на воду», «земля еще помнит то сражение», «вещь помнит своего хозяина», «космический разум».

Если внимательнее изучить привычное для нас окружение (например: воду, воздух, землю) через нано-размер, то можно выделить некую Нано-Молекулу Мысли или информационную нано-частицу. Информационная нано-частица содержится во всем, что нас окружает. Это как белый лист бумаги, как пустой сосуд для мыслей. Надо лишь научиться управлять этой частицей: находить ее, придавать ей необходимый смысл, нужную скорость и направление.

Тогда жизнь человека упростится: не нужны будут книги, компьютеры, телефоны, диски, флешки и все то, на чем мы привыкли хранить и передавать свои мысли. Все будет проще. Мы сможем научиться общаться мысленно, управлять силой мысли разными приборами, событиями, природными явлениями!

Некоторые люди и сейчас так умеют, но скоро это будет доступно всем. Мысли можно будет передавать на расстоянии, визуализировать и складировать их, обращаться к мыслям предков. Появится одна всеобщая нанобиблиотека человеческих мыслей - и все сказанное и придуманное человечеством за миллиарды лет не займет и квадратного сантиметра на нашем столе. Может быть сначала потребуются мыслефоны, мыслевизоры, мысленет, мыслеприемники.

Но в будущем Человечество просто научится пользоваться невидимым, но вездесущим информационный нано-полем вокруг себя напрямую без приборов, просто силою мысли. Думаю, что следующим шагом Человечества станет поиск временной нано-частицы. И благодаря открытию нано-частиц Времени и Мысли станут возможны путешествия во времени, к другим галактикам, телепортация, материализация мыслей и многое другое.

comments

Иллюстрация на тему энтропии - в помощь изучающим физику

2011-08-29T23:25:35Z

Энтропия (от греч. ἐντροπία — поворот, превращение) в естественных науках — мера беспорядка системы. Если не следить за порядком (не затрачивать на это энергию) - энтропия всегда увеличивается. Это не сложно понять - перестаньте убирать у себя дома (затрачивать энергию) - и степень беспорядка начнет расти с каждым днем.

Обьяснить понятным языком, что ж такое энтропия, попросил мой племянник, который начал изучать физику (наверное термодинамику) в колледже. Специально для него - пост ниже:

Несколько фото швейцарского художника Урсус Верли на эту тему. Вот обычная открытая система:

А теперь мы ее упорядочим, затратив не слабую энергию и уменьшив энтропию:

То же самое можно проделать с тарелкой супа: вот нормальная открытая система:

Приложим энергию и наведем порядок, значительно понизив энтропию:

Надеюсь, смысл понятия энтропии теперь будет понятно даже самым маленьким.

P.S. Фото обнаружены в сегодняшнем выпуске у ibigdan. Они сделаны швейцарским художником Урсусом Верли (Ursus Wehrli). Парень действительно интересный - послушайте его рассказ на ТЕДе: