Neo-IMBG

Sun, 25 Jan 2015 00:59:04 GMT

Крутой словарь онлайн: http://visual.merriam-webster.com/index.php

comments

Студенту на заметку

Mon, 20 Oct 2014 21:33:24 GMT

Чистые хорошие клетные линии на заказ - Сoriell.org

Заказать можно даже русского с лишней хромосомой - для измерения духовности:

comments

Шпаргалка

Fri, 12 Sep 2014 20:58:17 GMT

Гомологи: рука - плавник - крыло - лапа.

Аналоги: крыло насекомого, крыло птицы, крылышко семени сосны.

comments

CLIME

Sun, 15 Jun 2014 00:26:40 GMT

CLIME - это новый биоинформатический сервер, который позволяет определить возможные партнеры белков путем анализа схожести эволюционного профиля данного белка с базой остальных белков... Простыми словами, вы задаете список вероятных белков-партнеров (до 200 генов), а программа смотрит: какие из этих белки присутствуют в одних и тех же организмах, а какие нет. По сумме этих факторов вычисляются вероятные парнеры, при чем в ряде случаев предсказания невероятно точные.

Синие квадратики - присутствие указаных 10 белков в различных организмах. Поскольку в данном примере профили очень похожи, то вероятность их взаимодействия выходит высокой - что и требовалось узнать.

Другой, более сложный вариант - под катом:
( Read more... )

comments

Рабочее

Sun, 11 May 2014 21:26:07 GMT

Схема мукозального иммунитета против стрептококков:

Про стрептококки и инфекию горла

(неспециалистам можно не смотреть - ничего не понятно, я оставляю линк здесь для себя, чтоб был под рукой)

comments

Biolegend posters

Mon, 28 Apr 2014 22:30:27 GMT

Большая коллекция постеров по иммунологии от Biolegend.com

comments

Lifehack

Mon, 28 Apr 2014 00:47:01 GMT

Как просто скачать Youtube видео:

Если в двух словах - просто поменять http://www. на ss

comments

Студенту на заметку

Mon, 21 Apr 2014 22:53:22 GMT

comments

Студенту на заметку

Sun, 06 Apr 2014 02:10:47 GMT

Список генов, регулируемых Wnt-путем. Хорошее дополнение к списку NF-kB зависимых генов.

Очень удобно, когда анализируешь данные RNA-seq и ищешь хороший маркерный ген.

comments

Как рисовать крутые 3D мультики для презентаций

Sat, 22 Mar 2014 00:30:56 GMT

Molecular Flipbook toolkit (3d animation software designed for and by molecular biologists) - free and open source.

comments

Терапия антителами

Mon, 17 Feb 2014 00:27:53 GMT

Недавно спрашивали меня в комментариях про материалы по терапии антителами. Тут наткнулся на россыпь обалденных видео. Все на английском, но очень доступном. Качество видео очень высокое.

Вставлять видео не позволяют, так что придется смотреть на сайте производителя.

Все ссылки (внизу страниц, выбирайте раздел вручную):

Respiratory, Inflammation and Autimmunity:
Targeting CD-19

Targeting GM-CSF

Targeting IL-1

Targeting IL-5

Targeting IL-13

Oncology:

Targeting Angiopoietin 2

Targeting IGF Signaling

Targeting CD-22

comments

Наша служба и опасна, и трудна

Tue, 04 Feb 2014 00:30:01 GMT

comments

Студенту на заметку

Wed, 10 Jul 2013 16:58:02 GMT

Шикарные интерактивные карты клеточных сигнальных путей от R&D - все нажимается и подсвечивается, прям Америка!

Например, вечная дружба инсулина с жиром віглядит упрощенно так:

comments

How to Download Bacterial Genomes Using the Entrez API

Tue, 19 Feb 2013 23:38:39 GMT

Я нашел то, что мне может быть понадобится в будущем - ни времени, ни сил переводить это сейчас нет. Однако данная статья может быть интересна и вам: о том, как закачивать бактериальные геномы из PubMed.

Given the size of modern sequence databases, finding the complete genome sequence for a bacterium among the many other partial sequences can be a challenge. In addition, if you want to download sequences for many bacterial species, an automated solution might be preferable.

( Read more... )

---------------
NCBI

comments

Статистика для биологов

Sat, 16 Feb 2013 21:16:54 GMT

Короткий синопсис по основным статистическим методам обработки данных для биологов, с основным лейтмотивом "оспади, как же достали ошибки в статьях" - в недавнем Nature: "Know when your numbers are significant".

Статья приятна тем, что дана таблица с основными определениями - теперь ни одна статья не получит от меня положительной рецензии!!

comments

Возможность подстелить соломку

Tue, 29 Jan 2013 20:56:00 GMT

Собрание ссылок от NIH по теме - кому и сколько это агенство давало денег в прошлом. Приятно тем, что можно более-менее представить себе конкуренцию на те или иные гранты:

comments

Студенту на заметку

Mon, 07 Jan 2013 17:57:16 GMT

Hugo Gene Nomenclature Committee - официальный сайт с официальными названиями генов. Что-то вроде ВАКа.

comments

Студенту в помощь

Sat, 01 Dec 2012 23:02:14 GMT

Genevestigator предлагает новый сервис - до конца 2012 года бесплатно. С помощью его можно сравнить результаты анализа экспресси своих генов с данными других исследователей по этим же генам.

Дальше даю английский текст, т.к. тем кому это может быть интересно, перевод вряд ли нужен:

Dear Genevestigator User,

Has anybody else in the world obtained similar results as you have?

To help you answer this type of question, we just released the "Signature tool" in Genevestigator.

Enter a list of genes and their corresponding expression values (absolute or relative) obtained for instance by RT-qPCR, microarrays or RNAseq, and Genevestigator will search its expression compendium to identify conditions in which the given expression signature occurs.

As an introduction, the Signature tool will be in BASIC access until the end of 2012. It will then become part of Genevestigator ADVANCED. So take advantage of this opportunity to try out this unique tool! For a brief description and tutorial, see here:

https://www.genevestigator.com/gv/doc/signature.jsp

We also announce a significant improvement of the Quick Search and Gene Selection features in Genevestigator. Formerly, when entering a gene ID, Genevestigator sometimes proposed too many genes and probesets. You can now specify whether it should search exact matches or use alternative search options.

Best regards from Zurich,

The Genevestigator Team

comments

Знаете ли вы, что...

Mon, 12 Nov 2012 00:00:39 GMT

...Google продает на вид приличные компьютеры всего за $250:

comments

Студенту в помощь

Thu, 25 Oct 2012 04:47:21 GMT

Обалденная анатомическая база - с простыми иллюстрациями плюс аннотация - NIDDK Image library

comments

Студенту на заметку

Tue, 11 Sep 2012 23:06:32 GMT

Большой список генов, активируемых NF-kB путем. Очень удобно, когда анализируешь данные микро-арреев, или ищешь хороший маркерный ген.

В комментарии, если знаете, давайте ссылки на аналогичные таблицы по другим сигнальным путям. Всегда удобно иметь под рукой такой материал.

comments

Студенту в помощь

Thu, 02 Aug 2012 00:49:53 GMT

Очередная база картинок по молекулярной биологии:

comments

База мутаций

Fri, 27 Jul 2012 00:19:19 GMT

Попалась на глаза база данных Cosmic, созданная Welcome Trust Sanger Institute, что на Британщине.

Принцип прост - в окне поиска вводите имя интересующего вас гена, и получаете список мутаций в нем, зарегестрированных в различных опухолях.

При этом стоит помнить, что сам по себе факт мутации может быть не связан с канцерогенностью, а быть совпадением, поэтому результаты могут служить лишь исходной точкой для дальнейших анализов (например, используя ресурс Oncomine.org).

Вообще стоит сказать, что Welcome Trust Sanger Institute такие выдумщики - вот полный список веб-ресурсов, которые они создали. Буду публиковать короткие описания их по мере знакомства.

comments

Студенты в помощь

Fri, 13 Jul 2012 03:00:53 GMT

Нашел случайно в интернете какую-то огромную книгу - "The Burden of Digestive Diseases in the United States" (что-то типа "Бремя желудочно-кишечных заболеваний в США", перевел как смог).

Книга NIH-овская, поэтому нанее ссылаться можно вполне официально. А в ней - тысячи миллионов цифр про то, сколько каждое ЖКТ заболевание наносит вреда в долларах, человеко-часов и вообще.

Вроде вот вещь не нужная, а во вступлениях к любой статье или гранту указать это надо. И начинаешь каждый раз метаться по интернету. А тут - все аккуратно собрано. Рекомендую.

comments

Пользователям Vector NTI

Wed, 04 Jul 2012 18:03:59 GMT

Провел тут поиск, есть ли какие программы для молекулярной биологии, аналогичные дорогому инвитрогеновскому Vector NTI. Оказывается есть, и много. Более того, многие из них дают за так бесплатную версию, с ограниченными возможностями. А некоторые - бесплатны вообще.

Я пока их закачиваю, и по мере тестирования буду оглашать свой приговор. А пока оглашаю весь список:

ApE - A plasmid editor - бесплатный.

Geneious - ограниченный плеер бесплатный, полная версия - в районе 600-700 долларов на брата. Плюс - читает вектор-NTI файлы. Ограниченный я попробовал - для работы не возможен - отключены рестриктазы и еще что-то.

SnapGene - Viewer бесплатный, полная версия тоже не больше 1000 долл. Пока не пробовал.

BioEdit - бесплатный. Но только для виндовса - остальные программы как правило идут и на винду, и на мак, и на линукс.

Serial Cloner - то, что я собираюсь попробовать. Французский бесплатный софт, поэтому оформление прекрасное. Как будет работать - протестирую и скажу.

Кто знает больше о перечисленных программах или может подсказать что-то другое - милости просим высказываться в комментариях.

comments