Геометрия протеолиза

Последний номер Nature Chemical biology принес неплохую статью, данные которой я очень ждал.

Статья T. Inobe под названием "Defining the geometry of the two-component proteasome degron" будет полезна все молекулярщикам, имеющим дело с протеасомальной деградацией белков. 

Дело в том, что общее представление о том, как белок деградируется в протеосоме, мы имеем уже давно. Но когда ты подходишшь вплотную к вопросу - "что да как?" - начинаются непонятки. При конструировании опытного белка надо знать точно - где размещать дегрон, куда можно "навесить" метку и прочие конкретные вопросы, ответы на которые хочется получить желательно в точных числах.


Figure 6 | Schematic representation of the length and spacing requirement for the initiation region.

( Подпись к рисунку (на англ) )

Именно такую справочную информацию теперь можно найти в новой статье. Авторы показали, что 26S протеосома узнает двойной сигнал для деградации (дегрон) - кроме убиквитиновой метки в него состав входит неструктурированная последовательность, с которой и начаинается деградация. Другими словами, у белков должен быть сайт, который узнается протеасомой, и второй сайт (не идентичный) - с которого начинается протеолиз. Кроме того, ими показана зависимость деградации от взаимной локализации обоих сигналов - а это отличная подсказка для будущих клонингов.

Кроме того, они показали что убиквитиновый полимер (2 или 4 убиквитина) и убиквитин-подобные метки (UbL) узнаются разными частями протеосомы и деградируются с различной динамикой. Т.е. протеосома - этоне просто молекулярый шреддер, который режет все подряд - она распознает разные метки разными сайтами связывания, внося еще больше деталей в тонкую регуляцию белковой деградации.

Также в статье есть шикарная иллюстрация (представлена выше) - разрезанная по вертикали протеосома, изображенная в стиле школьных уроков черчения, что согласитесь - придает статье определенного шарма. Кроме того, она помогает понять суть изысканий - мы специально оставили подпись рисунка. потому что она суммирует данные всей статьи.

Ссылка на статью "Defining the geometry of the two-component proteasome degron"

P.S. Каждый человек, который хочет получить не доступную ему статью, по которой мы написали обзор, может получить ее копию от меня. Достаточно попросить об этом в комментариях или личным сообщением (укажите сразу свой адрес).