Виртуальная клетка

Ученые создали самую подробную на сегодняшний день компьютерную модель индивидуальной клетки. Она оказалась способна предсказывать ранее неизвестные свойства реальных бактерий. Работа опубликована в журнале Cell, ее краткое содержание приводится на сайте Стенфордского университета.



Для максимально подробного моделирования ученые выбрали бактерию с самым маленьким геномом - Mycoplasma genitalium. Из-за упрощения, вызванного паразитическим образом жизни, в ее ДНК имеется всего 525 генов (против более 4 тысяч генов у классической лабораторной E. coli). Именно по этой причине ДНК Mycoplasma genitalium стала основой для первого искусственно синтезированного генома.

Виртуальная клетка моделировала синтез и распад различных метаболитов (аминокислот, нуклеотидов и других молекул), белков, ДНК, РНК, взаимодействие между генами и клеточное деление. Процесс управлялся приблизительно двумя тысячами параметров.

Читать целиком на Ленте.ру 

Вопрос к залу

Я эмбриологию учил давно, и сегодня легко в разговоре могу спутать гаструлу и бластулу. Поэтому я попрошу вас поделиться знаниями, так как вопрос специфический, а времени повторять учебники нет.




Как известно, сердце формируется на каком-то дне/неделе эмбрионального развития из сосудистой петли, они срастаются, изгибаются и в итоге получается родной четырехкамерное, которому не  хочется покоя.

Вопрос: знаете ли вы, какую роль в формировании стенок между желудочками и предсердиями могут играть процессы внутриклеточного везикулярного транспорта? По нашим данным, нокаут целевого белка (партнера многих Rab белков) вызывает проблемы в формировании сердца у эмбрионов (как правило, дефект межпредсердной перегородки). А Rab белки - они основные водители многих везикул внутри клеток. 

Нам бы зацепку - например, облом автофагии ведет к данному пороку. Или нарушение в траффике позних (ранних, recycling) эндосом приводит к порокам сердца. Никто не владеет такой узкой молекулярной эмбриологией?

Чудеса да и только

Наконец вышла работа, о которой так много говорили биологи - разработан способ сделать секвенирование полного генома зародыша человека неинвазивно(т.е. не беря образцы ткани из самого зародыша и не  повреждая матку.



Оказывается, что при созревании будущего гражданина в крови матери находится достаточное количество его, зародыша, ДНК. Т.е. в крови у мамы  плавает кроме ее генома еще и геном папы (или кого-то еще). Отобрав кровь у будущей роженицы, современные методы вполне уже позволяют провести полный анализ генома будущего младенца, и предсказать, все ли у него в порядке с генами и станет ли он космонавтом.

Подробнее - Prenatal diagnostics: Fetal genes in mother's blood