О конструкторах и клоунах

[imbg]

Пластиковая модель молекулы бактериородопсина в масштабе 21 000 000:1, visualscience

Помните, как отзывался великий Чаргафф о "двух клоунах" - Крике и Уотсоне - в своей книге  “Building the Tower of Babble” (отрывок из поста galicarnax ):

«Две недели спустя,— пишет Уотсон в своей книге “Двойная спираль”,— мы с Чаргаффом скользнули взглядом друг по другу в Париже, на Международном биохимическом конгрессе. Мы встретились во дворе Сорбонны, и только едва заметная сардоническая усмешка показала, что Чаргафф меня узнал». 

Поскольку у меня в памяти удерживаются, к сожалению, лишь всякие пустяки, я действительно припоминаю встречу на биохимическом конгрессе 1952 года и неуклюжего молодого человека. Правда, мое настроение в тот момент вряд ли можно было назвать сардоническим: просто я разыскивал уборную, но какую бы дверь ни открывал, обязательно оказывался в какой-нибудь аудитории, всякий раз украшенной одним и тем же большим портретом кардинала Ришелье.
Когда в «Двойной спирали» заходит речь обо мне, то автор обычно употребляет эпитеты «саркастический» или «сардонический». На самом же деле после первой встречи в Кембридже с этой парой энтузиастов ко мне больше подошло бы определение «озадаченный»: я действительно был озадачен при виде двух человек, которые пытаются уложить нуклеотиды в спираль и рассуждают о ее шаге (двойной эта спираль стала, кажется, только после того, как я рассказал им о наших результатах), не потрудившись узнать строение соединений, из которых эта спираль должна состоять. Ужас, в который привела меня такая безграничная отвага, поймет лишь тот, кто припомнит, что в то время молекулярной биологии еще не существовало. Это сейчас в науке принято считать, что выходить за пределы своей специальности и своей компетенции полезно, и многим удается проглотить больше, чем они откусили. А тогдашнее мое отношение к этой затее правильнее было бы назвать «лаконическим», потому что, уезжая из Кембриджа, я записал для памяти: «Два бродячих торговца в поисках спирали».


"Два бродячих торговца" нашли свою спираль!

Хотите почувствовать себя отважными первооткрывателями спирали? Мы тут обнаружили в продаже наборы для создания всего на свете - от аминокислот до рибосом и прочих центриолей! В сети нашелся чудесный магазин, который торгует всеми запчастями для природы: 3D-moleculardesigns. За относительно небольшие деньги вы можете купить себе или своим детям (а также студентам или аспирантам) чудесные игрушки для их будущих открытий. Например, белок GFP всего за 50 долларов.

Кстати с помощью этих милых игрушек не одна только ДНК была расшифрована. Как мы писали в свое время, на заре молекулярной биологии, когда компьютеры еще были без экранов, люди визуализировали молекулы с помощью таких конструкторов. Так была открыта альфа-спираль белка Полингом, и понята структура гемоглобина... Вот видео с рассказом Лайнуса Полинга, где он рассказывает, что первая его модель альфа-спирали была построена... из бумаги (конструкторы тогда были еще очень неудобны):

Важность таких конструкторов в 50-70 годах становится понятной, если вспомнить, что в мае 1960-го года комитет по биофизике и биофизической химии (Biophysics and Biophysical Chemistry Study Section) Национального Института Здравоохранения (NIH) США обратился к Уолтеру Колтуну (Walter Koltun) с просьбой создать промышленные спецификации для выпуска «молекулярного конструктора». Обоснование этой программы, рассчитанной на пять лет, было следующим:

«Модели атомов, доступные в настоящее время, обладают рядом недостатков. Некоторые из них основаны на металлических клипсах, самопроизвольно расстегивающихся при построении больших моделей. Они практически не обеспечивают подвижность молекулы и не позволяют варьировать углы и длины химических связей. Торсионный потенциал и способность атомов к образованию водородных связей также не учитываются. Кроме того, модели атомов, как правило, настолько тяжелы, что соединительные элементы не способны удерживать их в правильной конформации. Лёгкие же модели обладают недостаточной точностью. В добавок ко всему, эти модели дороги в изготовлении и стоят в среднем 75 центов за атом».

 Подробнее всю захватывающую историю использования конструкторов для больших детей читайте в нашей статье "На заре молекулярной графики".