Библиотека 3'-UTR от C.elegans
Jan. 25th, 2011 09:10 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
imbgВ наше время глобальными проектами по переписи всего и вся уже не удивишь. Сейчас скорее можно удивиться, как это геном лося сохатого до сих пор не расшифрован - 21 век то на дворе.
Nature опубликовала статью о завершении глобального и нужного проекта - секвенирование всех 3'-UTR (untranslated region) всех мРНК простейшего червя C.elegans. Удивляет, что до сих пор этого было не сделано.
Коротко напомним структуру мРНК (что такое мРНК и зачем она нужна, можно прочитать в Википедии) - она состоит из 5'-UTR (некодирующая белок область, важна для начала синтеза белка), собственно кодирующей области (начинается триплетом ATG, заканчивается стоп-триплетом TGA). За стоп-кодоном идет некодирующая область. которая регулирует время жизни мРНК, ее локализацию и рад других свойств (3'-UTR). Заканчивается все поли-А треком - просто цепочкой аденозинов (ААААА) (хотя не обязательно только А).
Схема структуры мРНК - Biomolecula.ru
3'-UTR должны нести важную смысловую информацию - часто их длинна больше самой кодирующей области, и они специфичны для каждого гена. Они часто определяют поведение генов, в них находятся мишени для микроРНК, и наверное еще дюжины функций этих областей мы даже и не знаем.
Поэтому создание библиотеки всех мРНК у C.elegans - любимого объекта исследователей нескольких поколений - уже сейчас востребованно на все 100. Авторы применили новую оригинальную методику, которая позволила провести автоматизированный анализ общей смеси мРНК. В результате описано и запротоколированно 24033 разных UTR.
Интересно, что 3'-UTR этого червяка самые короткие из всех животных - похожие короткие кончики найдены только у мРНК дрожжей (Saccharomyces cerevisiae). Средняя длинна 3'-UTR C.elegans - около 130 нуклеотидов, тогда как у человека в среднем длинна составляет от 200 до 600 нуклеотидов.
Ну. и кому совсем интересно - ссылка на статью:
Formation, regulation and evolution of Caenorhabditis elegans 3′UTRs
Nature опубликовала статью о завершении глобального и нужного проекта - секвенирование всех 3'-UTR (untranslated region) всех мРНК простейшего червя C.elegans. Удивляет, что до сих пор этого было не сделано.
Коротко напомним структуру мРНК (что такое мРНК и зачем она нужна, можно прочитать в Википедии) - она состоит из 5'-UTR (некодирующая белок область, важна для начала синтеза белка), собственно кодирующей области (начинается триплетом ATG, заканчивается стоп-триплетом TGA). За стоп-кодоном идет некодирующая область. которая регулирует время жизни мРНК, ее локализацию и рад других свойств (3'-UTR). Заканчивается все поли-А треком - просто цепочкой аденозинов (ААААА) (хотя не обязательно только А).
Схема структуры мРНК - Biomolecula.ru
3'-UTR должны нести важную смысловую информацию - часто их длинна больше самой кодирующей области, и они специфичны для каждого гена. Они часто определяют поведение генов, в них находятся мишени для микроРНК, и наверное еще дюжины функций этих областей мы даже и не знаем.
Поэтому создание библиотеки всех мРНК у C.elegans - любимого объекта исследователей нескольких поколений - уже сейчас востребованно на все 100. Авторы применили новую оригинальную методику, которая позволила провести автоматизированный анализ общей смеси мРНК. В результате описано и запротоколированно 24033 разных UTR.
Интересно, что 3'-UTR этого червяка самые короткие из всех животных - похожие короткие кончики найдены только у мРНК дрожжей (Saccharomyces cerevisiae). Средняя длинна 3'-UTR C.elegans - около 130 нуклеотидов, тогда как у человека в среднем длинна составляет от 200 до 600 нуклеотидов.
Ну. и кому совсем интересно - ссылка на статью:
Formation, regulation and evolution of Caenorhabditis elegans 3′UTRs
