Записка возмущенного натуралиста
May. 5th, 2011 09:02 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
imbg Это какой-то нон-сенс: для презентации потребовалась простая блок-схема древнейшего фермента цитохром-с-оксидазы. Древнейший он с любой точки зрения - открыли его еще когда не было интернета, и Ленинджер в своем учебнике уже расписал его; кроме того, сам фермент эволюционно очень древний - есть и у бактерий, и у высших. Т.е. сам белок ни разу не диковинка.
В общем, для презентации потребовался рисунок в виде кружечков или квадратиков - ну, чтоб показать, что фермент состоит из 10 субъединиц: А, В, С, ... Х - и чтоб во время рассказа эти субъединицы заштриховывались. Все. На поиск ушло пол-дня - я нигде не мог найти простой и понятной структуры. Сразу объясню - я знаю о существовании pdb-банка, и видел там кристальную структуру (она за номером 1OCC) - но я был на чужом компьютере без программы-вьювера, а разбираться он-лайн где какая цепь меня абсолютно не грела. Да и сам принцип - неужели никто никогда не рисовал мелом на асфальте или мышкой в ворде просто блок-схему данного белка?
Отдельных слов стоит то, что встречается - это всегда либо две субъединицы (а их должно быть больше десятка), либо просто мешанина из альфа-цепей а-ля натюрель - разбирайтесь мол сами. В одном месте я даже нашел этот "натюрель" пронумерованным, и уже готов был брать от безрыбья - так опять нескладуха - жадная тетка повесила его в размере иконки, а сама статья, где была она опубликована, тупо не открывалась.
Пол-дня мир был против меня - я не мог решить абсолютно тривиальную задачу. И вот наконец чудо - я увидел ее, картинку, да не просто картинку - а весь процесс сборки этого комплекса. Пока картинка не расстаяла, как сон, я покажу ее и вам:
Вот эта загогулька в конце и есть предмет моих мечтаний на сегодня.
Но самое удивительное - это опубликовано в Nature обзоре 2011 года! Неужели только сейчас цитохром-с-оксидазу наконец расшифровали окончательно?
Может кому еще нужна такая картинка - так обращайтесь, я вышлю статью. Кстати она называется "Inventory control: cytochrome c oxidase assembly regulates mitochondrial translation", и в ней речь идет о том, что данная цит-с-оксидаза кодируется обоими геномами - какие-то субъединицы идут из ядра (напр.Cox5), а какие-то кодируются митохондриальным геномом (Cox1). И оказывается, синтез митохондриальной части регулирует весь процесс сборки. В общем это выглядит так:
P.S. Я допускаю, что я просто залип, и вероятно во время поиска циклически повторял какую-то логическую ошибку. Но я не смог ее обнаружить - получается все-таки, что белок настолько сложный, что только сейчас его полную структуру более-менее разрулили.
P.S.S. Да, пока искал - наткнулся на интересный сайт с интерактивными картами клеточных процессов в стиле Гугл-карт: Pathway Browser . Можно посмотреть например на молекулярную схему заражения клетки вирусом гриппа. Если б не глючил еще - цены б сайту не было.
В общем, для презентации потребовался рисунок в виде кружечков или квадратиков - ну, чтоб показать, что фермент состоит из 10 субъединиц: А, В, С, ... Х - и чтоб во время рассказа эти субъединицы заштриховывались. Все. На поиск ушло пол-дня - я нигде не мог найти простой и понятной структуры. Сразу объясню - я знаю о существовании pdb-банка, и видел там кристальную структуру (она за номером 1OCC) - но я был на чужом компьютере без программы-вьювера, а разбираться он-лайн где какая цепь меня абсолютно не грела. Да и сам принцип - неужели никто никогда не рисовал мелом на асфальте или мышкой в ворде просто блок-схему данного белка?
Отдельных слов стоит то, что встречается - это всегда либо две субъединицы (а их должно быть больше десятка), либо просто мешанина из альфа-цепей а-ля натюрель - разбирайтесь мол сами. В одном месте я даже нашел этот "натюрель" пронумерованным, и уже готов был брать от безрыбья - так опять нескладуха - жадная тетка повесила его в размере иконки, а сама статья, где была она опубликована, тупо не открывалась.
Пол-дня мир был против меня - я не мог решить абсолютно тривиальную задачу. И вот наконец чудо - я увидел ее, картинку, да не просто картинку - а весь процесс сборки этого комплекса. Пока картинка не расстаяла, как сон, я покажу ее и вам:
Вот эта загогулька в конце и есть предмет моих мечтаний на сегодня.
Но самое удивительное - это опубликовано в Nature обзоре 2011 года! Неужели только сейчас цитохром-с-оксидазу наконец расшифровали окончательно?
Может кому еще нужна такая картинка - так обращайтесь, я вышлю статью. Кстати она называется "Inventory control: cytochrome c oxidase assembly regulates mitochondrial translation", и в ней речь идет о том, что данная цит-с-оксидаза кодируется обоими геномами - какие-то субъединицы идут из ядра (напр.Cox5), а какие-то кодируются митохондриальным геномом (Cox1). И оказывается, синтез митохондриальной части регулирует весь процесс сборки. В общем это выглядит так:
P.S. Я допускаю, что я просто залип, и вероятно во время поиска циклически повторял какую-то логическую ошибку. Но я не смог ее обнаружить - получается все-таки, что белок настолько сложный, что только сейчас его полную структуру более-менее разрулили.
P.S.S. Да, пока искал - наткнулся на интересный сайт с интерактивными картами клеточных процессов в стиле Гугл-карт: Pathway Browser . Можно посмотреть например на молекулярную схему заражения клетки вирусом гриппа. Если б не глючил еще - цены б сайту не было.
