UCSC Genome Browser

[imbg]

 Дополним наш раздел под тагом soft, где я собираю описания он-лайн программ для молекулярщиков. В основном собираю для себя, потому что однажды разобравшись, жаль забывать это - и ЖЖ-страничка естьм лучший способ для конспекта. Если вам интересно - приходите и читайте, мне статистика подскажет - публиковать ли дальше подобные узко-биологические посты.

Итак геномная база данных UCSC Genome Browser,  привлекла внимание своей широкой настраиваемостью. Идем на главную страницу, запускаем раздел Genome, и спустившись ниже (или через кнопку Config) включаем все опции, которые хотим. Сегодня меня интересуют - какие транскрипционные факторы связываются с промотором моего гена - я включаю  ENCODE Transcription Factor Binding и Regulatory elements from ORegAnno.

 

Результат на экране - двигаем нить ДНК и рассматриваем кандидатов. Остальные опции неменее просты и полезны - по мере изучения будудополнять этот пост.
 

Comments

[marina-fr.livejournal.com]

Желательно написать про Galaxy, с которой браузер сейчас ассоциирован. Практически она даёт возможность тем, кто не владеет программированием, делать обработку больших массивов данных на уровне несложных программ.

[imbg.livejournal.com]

а киньте ссылку - я не вполне знаю, о чем речь :(

[marina-fr.livejournal.com]

Там в Tables
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?db=hg18&position=chrX:151073054-151383976&hgsid=194958259
рядом с output format надо поставить галочку в графе Galaxy. Тогда выдача данных будет идти в Galaxy, и Вы попадаете
http://main.g2.bx.psu.edu/
сюда.
В Galaxy можно закачивать много разных данных как из CS, так и из других источников, и обрабатывать их. Интерфейс там интуитивно понятный - надо просто ходить, щёлкать и открывать, есть поясняющие рисунки.

[imbg.livejournal.com]

спасибо. Будет время - разберусь и напишу :)