UCSC Genome Browser
May. 9th, 2011 01:08 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
imbg Дополним наш раздел под тагом soft, где я собираю описания он-лайн программ для молекулярщиков. В основном собираю для себя, потому что однажды разобравшись, жаль забывать это - и ЖЖ-страничка естьм лучший способ для конспекта. Если вам интересно - приходите и читайте, мне статистика подскажет - публиковать ли дальше подобные узко-биологические посты.
Итак геномная база данных UCSC Genome Browser, привлекла внимание своей широкой настраиваемостью. Идем на главную страницу, запускаем раздел Genome, и спустившись ниже (или через кнопку Config) включаем все опции, которые хотим. Сегодня меня интересуют - какие транскрипционные факторы связываются с промотором моего гена - я включаю ENCODE Transcription Factor Binding и Regulatory elements from ORegAnno.
Результат на экране - двигаем нить ДНК и рассматриваем кандидатов. Остальные опции неменее просты и полезны - по мере изучения будудополнять этот пост.
Итак геномная база данных UCSC Genome Browser, привлекла внимание своей широкой настраиваемостью. Идем на главную страницу, запускаем раздел Genome, и спустившись ниже (или через кнопку Config) включаем все опции, которые хотим. Сегодня меня интересуют - какие транскрипционные факторы связываются с промотором моего гена - я включаю ENCODE Transcription Factor Binding и Regulatory elements from ORegAnno.
Результат на экране - двигаем нить ДНК и рассматриваем кандидатов. Остальные опции неменее просты и полезны - по мере изучения будудополнять этот пост.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2011-05-09 09:34 pm (UTC)no subject
Date: 2011-05-09 11:30 pm (UTC)no subject
Date: 2011-05-12 07:43 am (UTC)http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?db=hg18&position=chrX:151073054-151383976&hgsid=194958259
рядом с output format надо поставить галочку в графе Galaxy. Тогда выдача данных будет идти в Galaxy, и Вы попадаете
http://main.g2.bx.psu.edu/
сюда.
В Galaxy можно закачивать много разных данных как из CS, так и из других источников, и обрабатывать их. Интерфейс там интуитивно понятный - надо просто ходить, щёлкать и открывать, есть поясняющие рисунки.
no subject
Date: 2011-05-13 01:27 am (UTC)