Студенту на заметку

[imbg]

 
В сети нашлась отличная иллюстрация того, как работают ферменты в клетке. Представьте, что вся команда на картинке - это отдельные активные атомы фермента киназы-фосфатазы или убиквитин-лигазы, а колеса - остатки фосфатов или убиквитина соответственно; ну а гоночная машина не иначе как субстрат:


Взято с сайта ЯПлакалъ


Вопрос к залу: на сколько полно мы сможем понять смысл происходящего, если будет оперировать только представлениями о притягивании-отталкивании зарядов. Мой вариант ответа - наш понятийный аппарат, который мы используем при изучении активности молекулярных комплексов, чрезвычайно сложно и неудобно опишет операцию на картинке, интуитивно нам понятную. возможно, нам следует под другим углом взглянуть и на причинность молекулярных реакций. 

Comments

[imbg.livejournal.com]

мое мнение - на всех уровнях организации действует по неким сходным принципам - допустим сохранение энергии, может еще что-то. Мысль что человек в сообществе работает по иным принципам (интеллектуальным), нежели молекулы в аналогичном комплексе (общество молекул), заводит меня в тупик постоянными усложнением схемы "притяжение-отталкивание" молекулярных сетей - их тысячи, и они кошмарно перемешаны.
Я предлагаю в виде забавной гипотезы наделить молекулы свойствами людей, чтоб объяснять, как весь этот бульйон умудряется сохранятся и работать в клетке.
И тогда все еще более осложнется - потому что я не могу найти основу того, почему люди делают то, что они делают. Помните как тут:http://www.youtube.com/watch?v=IPogLMRBZ4o&list=PLF5A0F32425762FCD

[nsg21.livejournal.com]

>Я предлагаю в виде забавной гипотезы наделить молекулы свойствами людей

Обычно поступают наоборот. То есть, когда глубинный механизм явления неизвестен, то пытаются описывать это какой либо феноменологической моделью, часто антропоморфной. Типа "Меркурий не удаляется далеко от Солнца (в смысле элонгации) потому что влюлён в него". И это правильно, потому что неправильная модель лучше никакой.

В случае с молекулярными комплексами глубинная суть известна -- это ваше притяжение-отталкивание (закон Кулона слегка приправленый уравнением Шредингера). Они работают как работают потому что если бы не работали то мы бы этого не наблюдали. Можно и нужно объяснять их поведение в терминах более и более общих абстракций. Которые ещё надо выделить из наблюдаемого хаоса и придумать им имена, возможно, даже антропоморфные (зависит от вкусов открывателя). Но начинать лучше всё таки от истоков, тем более что они известны, а не говорить "их тысячи, и они кошмарно перемешаны, давайте просто считать что фермент ищет свой сайт потому что влюблен в него" или "это его рабочее место и ему надо успеть туда к 9:00". То есть если бы основополагающие принципы были неизвестны, то это был бы просто отличный подход, но раз они известны, то это будет шаг назад.

А кому сейчас легко?

[imbg.livejournal.com]

Ну с истоками мне самому более-менаа ясно. они разобраны и объяснены именно с позиции Кулона и пр. И в реакции отдельной молекулы с отдельным субстратом мне все понятно. Однако непонятностьначинается, когда пытаешься подступится с этими взглядами к системной биологии.Я пытаюсь хоть для себя найти ту нижнюю границу, после которого вопрос "почему" уже не стоит задавать, чтоб не углубляться в дебри. Как то так.