Интернетситет: Как микробиология спасла эволюцию от поглощения молекулярной биологией

[imbg]

  Пару ней назад в комментарии к одному из сообщений в ЖЖ у ivanov_petrov я упомянул свою статью годовой давности. А сегодня он выделил ее в отдельный пост (ссылка), и в комментариях сразу завертелась интересная дискуссия.  

Речь идет об упрощенном пересказе статьи Карла Вёзе и Нигеля Голденфельда «How the Microbial World Saved Evolution from the Scylla of Molecular Biology and the Charybdis of the Modern Synthesis» (Woese C.R., Goldenfeld N. (2009). How the Microbial World Saved Evolution from the Scylla of Molecular Biology and the Charybdis of the Modern Synthesis. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 73, 14–21).


Нет границ в свободном поиске. Наука — не место для догм. Учёный имеет право и обязан задавать любые вопросы, ставить под сомнение любые утверждения, искать любые доказательства, исправлять любые ошибки.

Я очень горжусь этой статьей, потому что готовил ее больше двух месяцев, при помощи коллег с Биомолекулы.ру. Все началось с того, что год назад в научных новостях я встретил ссылку на эту статью, и название естественно привлекло меня. Статья начиналась  приблизительно так:

Эта статья о том, как биология ХХ века фактически пренебрегла изучением наиболее важной проблемы биологии, а именно — эволюции. По сравнению с бурным прогрессом молекулярной биологии, изучение проблем эволюции и по сей день является делом второстепенным. До недавнего времени эволюция была разделом биологии, погрязшим в трясине мелкой схоластики, маскирующей тот факт, что развитие её застыло на уровне достижений прошлого века. Однако, дорогие читатели, не бойтесь: несмотря на такой пессимистичный старт, наш рассказ закончится хорошо. Новейшие данные микробиологии избавили биологию от прокрустова ложа догм, где она находилась так долго. 

Про одного из авторов статьи – Карла Вёзе – достаточно сказать, что он открыл надцарство Archaea. Карл Везе уже на том уровне, когда может открыто писать о таких вещах, о которых мало кто даже думает.

Распечатав статью, я взял ее на вечер домой, чтоб спокойно почитать. Однако это оказался твердый орешек, и за весь вечер я смог осмыслить только не больше половины. Когда на следующий раз, через пару дней, я приступил ко второй половине – понял, что уже забыл, о чем шла речь в начале.   

Мне очень хотелось понять, чем же старику не угодила вроде бы успешная молекулярная биология. Поэтому я решил написать короткий пересказ статьи, который впоследствии и вылился в популярную статью:

Молекулярная биология ошеломляюще быстро завоевала признание в рамках классического «ньютоновского» мировоззрения, вооружившись преимущественно редукционистским образом мысли. Хотя на словах всем очевидно, 
что, сложив вместе описания отдельных механизмов, автоматически целого не получишь, — всё же большинство открытий сделано именно в этом приближении. 

В этом «ньютоновском» мире биология стала как бы производной отраслью физики, по сути — инженерным делом без каких-либо фундаментальных задач. Биология стала наукой о биологических машинах, их частях и взаимодействиях этих частей, упражняясь в описаниях, но не объясняя сути объектов.

Однако предназначение биологии состоит не в доскональном описании объектов как моментальных снимков, а в философско-эволюционном понимании феномена их существования. Биология изучает не то, что есть, а то, что является. Другими словами, мы должны стараться ответить на вопрос — что есть жизнь? В какой момент неживые органические молекулы образуют живую материю? Понять этот качественный скачок в организации природы невозможно, лишь изучая составляющие её детали по отдельности. Для нас прелесть макромолекулярного мира состоит в поразительном факте его существования при всей его невероятной сложности. Сейчас молекулярная биология повторяет путь физической науки на прошлом рубеже веков: когда старая, классическая физика уже не могла подступиться к проблемам нелинейного мира из-за его переменчивости, когда простого описания статического мира частиц с линейными связями между ними стало недостаточно.

В целом, это глубокая философская статья, где рассматриваются совсем не стандартные для сегодняшней науки вопросы. И в то же время эта статья написана людьми, которые видят наш мир гораздо глубже, чем каждый из нас. И поэтому я рад, что через год статья снова привлекла к себе внимание. 

Вы можете вспомнить, что было год назад у нас (ссылка на Биомолекулу), а можете присоединится к свежей дискуссии с нашим участием в журнале ivanov_petrov.
 

Comments

[levyi-botinok.livejournal.com]

Пщчему-то подумалось, что "величие автора" в огромной степени определяется его популяризаторскими навыками. Но, к сожалению, у этого таланта есть два направления: умение связно и корректно излагать идеи, и умение продать "черный квадрат".
Скажите, Вы правда увидели в статье глубокую идею? (Не могу всерьез считать за откровение "любая задача должна рассматриваться только в комплексе...")
Может великий ученый Везе, как Ламарк, под эволюцией понимает "божественный замысел"? Так, вроде не очень прорывная идея.
И в чем таки кризис Молекулярной биологии? У меня практический интерес, как у разработчика в области масс-спектрометрии. Может нашего "заказчика" давно пора сливать?
:)

[imbg.livejournal.com]

Я и вправду думаю, что величие автора в современном мире - это также и способность популяризировать себя и свои идеи.
Мне статья понравилась не идеей - так основная идея как таковая слишком размыта. Мне понравился ход мыслей, изложение, "послевкусие". В целом мне очень понравилось, как он вел нить рассказа, я бы такому популяризаторству у него б охотно поучился.

Офф как для разработчика MS - у меня прямо сейчас висят два анализа, в обоих сильно фонят митохондрии (субъединицы цитохром-оксидазы и АТРазы), хотя сегодня не известны "митохондриальные" работы по нашим белкам. Мы отправляли на масс-спек клетки с оверэкспр двумя белками плюс контроль (чистый от МТ фона). Мой вопрос - не подскажете как можно программно посмотреть, на сколько МТ-фон может быть правдой, или это нечистое выделение? Можно ли как-то загнать список белков, полученных в масс-спектре, и посмотреть, они между собой формируют известные комплексы или нет (в первом случае - большая вероятность, что наш белок связывается и вытягивает весь комплекс; во втором - свидетельство в пользу того, что это мусор). Я пока юзаю BIOGRID, но как то он мне не нравится - не уверено выдает результат.

[levyi-botinok.livejournal.com]

:)
В главном Вы меня успокоили. Похоже, спрос есть. К огромному сожалению, на Ваш вопрос ответить не могу. Если у Вас что серьезно наболело, попробуйте бросить вопросы в российскую масс-спектрометрическую тусовку (преимущественно зарубежную) на почту нынешнему смотрящему Александру Иванову aivanov собака hsph.harvard.edu или попробуйте напрямую в группу запостить http://groups.google.com/group/RMSIG?hl=en.
Там, к сожалению, движухи почти никакой, все по разным фирмам сидят. Но могут услышать "правильные люди". Не знаю, можно ли рассылать с улицы. Если получится - я в списке - дам знать, что "ушло". :)

Насчет статьи Везе, мне все таки кажется, что там больше не умение популяризировать, а умение поджечь море ("продать черный квадрат"). Обозвать всех недотепами, найти кризис мирового масштаба, пообещать революцию, и под этим соусом продать банальность. Систематика микроорганизмов не сводима к генетическим картам? Я далек - по мне это банально.

[imbg.livejournal.com]

За ссылки спасибо - а без работы точно не останитесь пока - как и я. В конце концов все конечные кандидаты на лекарства перебирать надо вручную. Вот ксттаи интересная в тему статья (я еще не дочитал, но кажется, про изобретение лекарства от и до: http://www.nature.com/news/2010/101130/full/468608a.html).

Про Везе - если вас задело, почитайте оригинал - я все таки делал перевод, который потом два человека совместно адаптировали для популярной аудитории. Я помню что меня поразил сказ про микробиологию! Он действительно объяснил, почему микробиология (посмотрите, какой процент грантов на нее выдают сегоня) могла стать исключительно великой, если б пошла чуть другим путем, и буквально пальцем ткнул в то место, когда вся наука повенула не туда! По крупному мужик работает! Я честное слово понял его мысль, когда прочитал. Здесь, в комментариях, кратко этого не рассказать - я не Везе, а он уже это написал - поэтому я предлагаю вам (при условии интереса) скачать сам оригинал (он у нас на биомолекуле в конце статьи есть).

[levyi-botinok.livejournal.com]

Не задел меня Везе. Я еще и по ссылке nature wonder пересказ глянул. Понимаете, меня, как интересующегося неспециалиста сходу отталкивает явный натужный пафос, привлекаемый для оттенения своих (может, вполне достойных) идей. Ну это как во второй статье по Вашей ссылке про очередное "лекарство против рака", продляющее жизнь за немеряные деньги аж на 2.5 месяца. Такое утверждение:
Halichondrin B has a staggering 32 stereo­centres, meaning that there are 2^32 — more than 4 billion — possible forms, or isomers, of the molecule.
Вроде как получается круче, чем иголка в стоге сена. А то, что из этих 4 миллиардов конфигураций при комнатной температуре устойчив максимум десяток, скромно умалчивается. Я понимаю, что получить даже одну из двух комбинаций (с разной хиральностью) в чистом виде - титанический труд. И зачем, спрашивается, вводить в заблуждение обывателя цифрой в 4 миллиарда? Учитывая, что Nature непростые обыватели читают.

[imbg.livejournal.com]

Да я статью очитал, и мне тоже осталось ощущение обмануого ожидания :(
А про Вёзе - ну это дело вкуса. Кстати, я скоро запощщу похожий рассказ только уже нашего ученого - мне было очень интересно его почитать. так что не ухдите далеко.