Библиотека 3'-UTR от C.elegans
Jan. 25th, 2011 09:10 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
imbgВ наше время глобальными проектами по переписи всего и вся уже не удивишь. Сейчас скорее можно удивиться, как это геном лося сохатого до сих пор не расшифрован - 21 век то на дворе.
Nature опубликовала статью о завершении глобального и нужного проекта - секвенирование всех 3'-UTR (untranslated region) всех мРНК простейшего червя C.elegans. Удивляет, что до сих пор этого было не сделано.
Коротко напомним структуру мРНК (что такое мРНК и зачем она нужна, можно прочитать в Википедии) - она состоит из 5'-UTR (некодирующая белок область, важна для начала синтеза белка), собственно кодирующей области (начинается триплетом ATG, заканчивается стоп-триплетом TGA). За стоп-кодоном идет некодирующая область. которая регулирует время жизни мРНК, ее локализацию и рад других свойств (3'-UTR). Заканчивается все поли-А треком - просто цепочкой аденозинов (ААААА) (хотя не обязательно только А).
Схема структуры мРНК - Biomolecula.ru
3'-UTR должны нести важную смысловую информацию - часто их длинна больше самой кодирующей области, и они специфичны для каждого гена. Они часто определяют поведение генов, в них находятся мишени для микроРНК, и наверное еще дюжины функций этих областей мы даже и не знаем.
Поэтому создание библиотеки всех мРНК у C.elegans - любимого объекта исследователей нескольких поколений - уже сейчас востребованно на все 100. Авторы применили новую оригинальную методику, которая позволила провести автоматизированный анализ общей смеси мРНК. В результате описано и запротоколированно 24033 разных UTR.
Интересно, что 3'-UTR этого червяка самые короткие из всех животных - похожие короткие кончики найдены только у мРНК дрожжей (Saccharomyces cerevisiae). Средняя длинна 3'-UTR C.elegans - около 130 нуклеотидов, тогда как у человека в среднем длинна составляет от 200 до 600 нуклеотидов.
Ну. и кому совсем интересно - ссылка на статью:
Formation, regulation and evolution of Caenorhabditis elegans 3′UTRs
Nature опубликовала статью о завершении глобального и нужного проекта - секвенирование всех 3'-UTR (untranslated region) всех мРНК простейшего червя C.elegans. Удивляет, что до сих пор этого было не сделано.
Коротко напомним структуру мРНК (что такое мРНК и зачем она нужна, можно прочитать в Википедии) - она состоит из 5'-UTR (некодирующая белок область, важна для начала синтеза белка), собственно кодирующей области (начинается триплетом ATG, заканчивается стоп-триплетом TGA). За стоп-кодоном идет некодирующая область. которая регулирует время жизни мРНК, ее локализацию и рад других свойств (3'-UTR). Заканчивается все поли-А треком - просто цепочкой аденозинов (ААААА) (хотя не обязательно только А).
Схема структуры мРНК - Biomolecula.ru
3'-UTR должны нести важную смысловую информацию - часто их длинна больше самой кодирующей области, и они специфичны для каждого гена. Они часто определяют поведение генов, в них находятся мишени для микроРНК, и наверное еще дюжины функций этих областей мы даже и не знаем.
Поэтому создание библиотеки всех мРНК у C.elegans - любимого объекта исследователей нескольких поколений - уже сейчас востребованно на все 100. Авторы применили новую оригинальную методику, которая позволила провести автоматизированный анализ общей смеси мРНК. В результате описано и запротоколированно 24033 разных UTR.
Интересно, что 3'-UTR этого червяка самые короткие из всех животных - похожие короткие кончики найдены только у мРНК дрожжей (Saccharomyces cerevisiae). Средняя длинна 3'-UTR C.elegans - около 130 нуклеотидов, тогда как у человека в среднем длинна составляет от 200 до 600 нуклеотидов.
Ну. и кому совсем интересно - ссылка на статью:
Formation, regulation and evolution of Caenorhabditis elegans 3′UTRs
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2011-01-26 05:56 pm (UTC)но интересно блин. ниче не могу с собой поделать.
вот эти штуки http://www.vechnayamolodost.ru/img/009-09/Sequencing2.jpg на геле, как получают?
а вот это шо? http://www.dnassequencing.com/wp-content/uploads/2011/01/Human-DNA-Sequence.jpg
сори за много_вопросов :(
no subject
Date: 2011-01-26 08:13 pm (UTC)Синтезируют химики - биологи заказывают через интернет :). Потом очень криво сшиваем между собой (1 удача из 1000 молекул) - и все это неприродным способом вставляем в бактерии - а дальше природа сама разбирается - удачные копии генов, которые мы действительно заделали, размножаются вместе с актерией - т.е. по сути бактерия делает отбор и мультиплицирование нашего продукта. Это как исскуственное оплодотворение - мы можем максимум что - только криво оплодотворить сотню яйцеклеток и подержать их пару дней в термостате - а дальше надо все обратно в женщину вводить, только природа может позаботиться о дальнейшем. Но все равно мы говорим - мы искусственно клепаем деток, типа как синтезируем их из неорганики! :)
Про ваши ссылки - это результаты электрофорезов белков (первый - синюю краску часто используют для окрашивания белков), и электрофорез ДНК (черно-белые - обчыно картинка с ДНК получается такой). такой метод позволяет нам сложную смесь белков или ДНК разделять по массе. Чем больше пятно - тем больше количетво данного белка или данного отрезка ДНК мы имеем в смеси. На английском видео - http://www.youtube.com/watch?v=UYAGhRi30oM&feature=related
Такой метод очень популярный - мы иначе не сможем даже представить, что у нас в смеси. А так мы получаем стандартную картинку.
no subject
Date: 2011-01-27 07:25 am (UTC)спасибо :)
no subject
Date: 2011-01-27 03:37 am (UTC)no subject
Date: 2011-01-27 06:42 am (UTC)