Транспортная информационная РНК
Feb. 26th, 2011 05:06 pm![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
imbg Метаболизм живой клетки обеспечивается тысячами одновременно протекающих реакций. Поодиночке мы уже умеем их исследовать в пробирке. Также умеем активировать тот или иной сигнальный путь искусственно. Однако все эксперименты in vitro - это смешивание ферментов и субстратов в концентрациях, на несколько порядков превышающие их реальные количества в клетках.
Одно время это различие пытались объяснить с помощью белков-катализаторов - мол, они проводят намного более глубокий катализ по сравнению с КПД искусственной системы. Позже, с открытием сигнальных пептидов, начали учитывать компартментализацию белков - т.е. локальное повышение концентрации субстрата - в нужное время в нужном месте. Это уже более похоже на правду, учитывая что быстро были обнаружены и шапероны, и динамины, и еще многие транспортные белки.
То, что мРНК тоже может доставлять себя в нужный компартмент, было показано вначале на нервных клетках - чего зазря гонять белки по длиннющему аксону (например белки нейротрансмиттеров), если намного выгоднее в конец аксона отправить саму мРНК. Позже похожая роль мРНК в транспорте белков была показана для бета-актина и еще ряда белков. Суть просто - вместо того чтоб нарабатывать и транспортировать белок, энергетически выгоднее в правильны компартмент отправить саму мРНК, и там - на месте - уже белок и наработать.
Признаюсь, что до сегодняшнего дня я слышал о транспортировки мРНК только у эукариот (может, они были показаны ранее и для прокариот, но я не встречал). И вот сегодня на Биомолекуле.ру опубликована новость "Транспортная мРНК", где мы коротко описываем новые данные о роли мРНК в локализации белков у бактерий, и даем пяток разных ссылок на работы в этом направлении (на основе поседнего выпуска Science).
Читать целиком
Одно время это различие пытались объяснить с помощью белков-катализаторов - мол, они проводят намного более глубокий катализ по сравнению с КПД искусственной системы. Позже, с открытием сигнальных пептидов, начали учитывать компартментализацию белков - т.е. локальное повышение концентрации субстрата - в нужное время в нужном месте. Это уже более похоже на правду, учитывая что быстро были обнаружены и шапероны, и динамины, и еще многие транспортные белки.
То, что мРНК тоже может доставлять себя в нужный компартмент, было показано вначале на нервных клетках - чего зазря гонять белки по длиннющему аксону (например белки нейротрансмиттеров), если намного выгоднее в конец аксона отправить саму мРНК. Позже похожая роль мРНК в транспорте белков была показана для бета-актина и еще ряда белков. Суть просто - вместо того чтоб нарабатывать и транспортировать белок, энергетически выгоднее в правильны компартмент отправить саму мРНК, и там - на месте - уже белок и наработать.
Признаюсь, что до сегодняшнего дня я слышал о транспортировки мРНК только у эукариот (может, они были показаны ранее и для прокариот, но я не встречал). И вот сегодня на Биомолекуле.ру опубликована новость "Транспортная мРНК", где мы коротко описываем новые данные о роли мРНК в локализации белков у бактерий, и даем пяток разных ссылок на работы в этом направлении (на основе поседнего выпуска Science).
Читать целиком
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
Интересно
Date: 2011-02-27 10:13 am (UTC)Re: Интересно
Date: 2011-02-27 09:04 pm (UTC)Re: диффузия никак не может объяснить вектор реакций
Date: 2011-02-28 06:23 am (UTC)У крупных эукариот же активный транспорт может быть полезен, поскольку размер клетки может оказаться больше расстояния, на которое диффузия переместит крупную молекулу за разумное время.
Вот, собственно, у меня и был вопрос: какова скорость диффузии для крупных молекул типа мРНК?
Re: диффузия никак не может объяснить вектор реакций
Date: 2011-02-28 07:24 pm (UTC)Скорость диффузии соразмерна скорости движения белков - мы писали тут: http://biomolecula.ru/content/73/ ...(другими словами, я не помню скорости :))
Re: диффузия никак не может объяснить вектор реакций
Date: 2011-03-01 07:24 am (UTC)http://ivanov-petrov.livejournal.com/1523219.html?thread=75619859#t75619859
В частности, есть статья, где отслеживалось движение мРНК в E. coli:
http://elementy.ru/news/430185;
http://link.aps.org/abstract/PRL/v96/e098102
В общем, похоже на диффузию с залипаниями.
Характерные времена разумны (см. Fig. 2a в Phys Rev Let).
Re: диффузия никак не может объяснить вектор реакций
Date: 2011-03-01 10:43 pm (UTC)Я вам предлагаю в качестве примера для размышления почитать часть 6 "Шагреневой кожи" моего руководителя - Кордюма, по ссылке:http://www.biopolymers.org.ua/archive/2005/06/B&C%20v21%20(2005)%20n485-514.pdf .Там есть как раз интересные расчеты - на основе скорости метаболизма, не транспорта мРНК - но все равно в ту же тему.
Re: почитать
Date: 2011-03-02 08:29 am (UTC)Re: диффузия никак не может объяснить вектор реакций
Date: 2011-02-28 07:44 pm (UTC)Re: Попробуйте объяснить простой диффузией передвижени
Date: 2011-03-01 07:28 am (UTC)Рассмотрите, например, движение одиночной бактерии в сосуде с однородной средой. Я подозреваю, что итоговая траектория неплохо опишется диффузионным уравнением. Хотя энергия тратится как и у людей.
no subject
Date: 2011-02-27 05:25 pm (UTC)no subject
Date: 2011-02-27 09:02 pm (UTC)no subject
Date: 2011-02-28 10:07 am (UTC)Кроме того, их сначала разворачивают с заметными затратами энергии. Можно было бы сэкономить.
no subject
Date: 2011-02-28 04:08 am (UTC)no subject
Date: 2011-02-28 10:03 am (UTC)