Помощь зала: мтДНК

[imbg]

 Жизнь поделена на условное количество моментов - годы, месяцы, дни, часы. Если из всего времени, отпущенного нам - пускай это будет 75 лет - забрать время учебы и маразма, остается не многим более 40-50 лет. Заберем отпуски и праздники, сон, обеды, свидания с девушками (юнность) или докторами (старость); походы в магазин и больничные - выйдет, что на работу у нас остается не так уж и много - это часов 40 в неделю (если вы последователь Любищева - тогда в два раза больше), а в году пускай будет грубо 36 рабочих недель.



В среднем один эксперимент берет две недели - от начала до оформления результатов на бумаге и их обсуждение с коллегами. Каждый серьезный эксперимент надо повторить хотя бы трижды, а если не получится один повтор - еще несколько раз. итого получается, что на один опыт нам надо потратить от шести до десяти недель. Значит, за год обычно мы можем сделать до шести законченных экспериментов - если не вести другие темы параллельно. 

Шесть экспериментов умножаем на количество лет, которое собираемся посвятить науке - и получаем вполне осязаемое двузначное или трехзначное число - и все! Из этого вывод:

Надо думать и расчитывать каждый эксперимент перед тем, как что-то начинать делать, потому что количество попыток конечно! 

Основной вывод - не стесняться и спрашивать знающих коллег. Например, присылая вопросы на разбор на адрес нашей ЖЖ-странички. Эту хорошую традицию начал  tavarishche. Его вопросы про физические параметры митохондриальной ДНК поставили меня в тупик - ответить что-либо внятное я не смог. Возможно, кому-то эта тема ближе, потому что на такие вопросы Гугл ответы выдает довольно неохотно. 

Оригинально вопросы заданы на украинском языке - мой русский перевод дублирует их ниже:

UA:

1)наскільки можна вважати спорідненою мтДНК і ДНК прокаріотів? чи можна співвідносити дані щодо бактеріальної ДНК до мтДНК, однак із поправкою на розміри? 

2)як мтДНК плаває у самій мітохондрії?

3)в якій конфігурації перебуває мтДНК?

4)чи можна використати показники ядерної ДНК (відстань між нуклеотидами у А конфігурації 2,8нм) для розрахунку довжини мтДНК із її набором нуклеотид?

мене зокрема цікавить розміщення мтДНК у просторі - відомо, що вона двохспіральна і закільцована, однак я не знайшов даних про звязок її із оточуючими білками (напр. як це є із гістонами у ядрі, де ДНК намотана на них). Власне як ті дві закільцьовані нитки плавають у самій мітохондрії? Щодо маси і довжини потрібно просто знати довжину самого кола. Якщо не помиляюся, то для ядерної ДНК вирахувано, що відстань між двома нуклетидами 2,8 нм (у випадку конфігурації А). Так ось - чи можна використати ці показники для розрахунку довжини мтДНК із її набором нуклеотид (16569), в якій конфігурації перебуває спіраль і т.д. ? Точність даних потрбіна для фізичних розрахунків, тому на жаль потрібно все переводити у СІ і при тому потрібна точність ...

Дуже дякую за сприяння!як тільки все вдасться із розрахунками і підготую першу публікацію в періодиці, одразу повідомлю вас, це може бути цікавою інформацією для людей, які займаються молекулярною біологією)

RU:

1. На сколько можно считать похожими ДНК митохондрий и прокариот? Можно ли брать за исходные параметры для мтДНК   показатели, характерные для ДНК бактерий,  ?

2. Как мтДНК плавает в митохондрии? (есть ли гистоны. шапероны, или она крепится к кристам и т.д.)

3. Какова конфигурация мтДНК?

4. Можно ли использоватьпоказатели ядерной ДНК (расстояние между нуклеотидами и т.п.) для расчета длинны мтДНК?

Интересует в частности пространственное размещение ДНК - известно, что она двухцепочечная и кольцевая, но я не нашелданных про ее взаимодействие с белками (гистоны и т.п.). Как они плавают там? Относительно массы и длинны - мне надо знать просто длинну - и мой вопрос: можно ли использовать расстояние 2,8 нм (ядерная А-форма) для расчета длинны мтДНК (2.8*16500 нукл)? Точность этих расчетов нужны для физических расчетов, поэтому все показатели надо будет перевести в единицы СИ. и довольно точно.

Заранее спасибо и т.д. и т.п.

***
Все идеи - милости просим в комментарии. 

Comments

[kilativ.livejournal.com]

Насколько я знаю, транскрипция митохондриальной ДНК ведется своей РНК полимеразой вирусного типа (односубъединичная), которая плохо преодолевает белковые барьеры. Подозреваю, что гистонов там нет, но какие-то ДНК связывающие белки типа бактериального hlpA присутствуют

[dok-zlo.livejournal.com]

дублируйте

ru_biologia, ru_biology,ru_genetics,

[imbg.livejournal.com]

а это идея!

[imbg.livejournal.com]

Некоторые предложения в комментариях по адресам:

http://ru-biology.livejournal.com/251989.html

http://ru-genetics.livejournal.com/138534.html

[tavarishche.livejournal.com]

Коментарій від kilativ наводить на цікаві роздуми: маленькі розміри мтДНК + факт, що РНК-полімераза для її транскрипції є вірусного типу заставляє задуматися. Беручи за основу симбіотичну теорію походження мітохондрії, то варто оприділитися із типами бактерій (чи взагалі то були бактерії??) пішла сама мітохондрія...Наскільки я пам'ятаю, є 2 великі перехідні групи організмів між вірусами і бактеріями, а саме рикетсії та хламідії. Цікаво почитати роботи по вивченню їхнього геному, особливо хламідій (внутрішньоклітинні енергетичні паразити, а звідси - певний звязок з мітохондріями).

Ще цікаві висновки: наявність ще одного геному в клітині - це досить хороше еволюційне пристосування. Енергетика клітини повністю не залежить від ядра і стану ядерної ДНК. Організму було вигідно виділити мітохондріальні гени в окрему ДНК, мати її у великій кількості, і за рахунок цієї кількості дублікатів убезпечити себе від життєвонебезпечних мутацій. Ядро такої стабільності не дає. Тут цікаво переглянути властивості мембрани самої мітохондрії і її відношення до мутагенних чинників. Теоретично, вона повинна бути стабільнішою і менш чутливішою, ніж ядерна.

[imbg.livejournal.com]

Некоторые предложения в комментариях по адресам:

http://ru-biology.livejournal.com/251989.html

http://ru-genetics.livejournal.com/138534.html

2 tavarishche - не забывайте писать там комментаторам "спасибо" :)

[tavarishche.livejournal.com]

відповідно за хліб для роздумів дякую коментаторам!