imbg: (Default)
[personal profile] imbg
 
Уже несколько недель по всей Европе наблюдаются вспышки инфекции, вызванной редким патогенным штаммом кишечной палочки Escherichia coli O104:H4, вызывающим сильное желудочное расстройство и гемолитико-уремический синдром с нарушением функции почек. К настоящему моменту инфицировано более 2.400 человек, а 23 из них погибло.


Escherichia coli  (фото с сайта asymptotia.com)

Первые случаи инфекции зарегистрированы в Германии еще в начале мая, но лишь 25 мая был точно установлен штамм, вызвавший инфекционную вспышку. Эта непростительная задержка вызвана несовершенством европейской системы здравоохранения, в которой отсутствуют средства раннего оповещения об инфекционных вспышках, а также оборудование для проведения полимеразной цепной реакции (ПЦР) непосредственно в поликлиниках, куда обращаются заболевшие.

В то же время, в Джорджии (США) после аналогичной вспышки 1993-го года создана система PulseNet, позволяющая быстро засекать подобные инфекции и предотвращать их распространение. Видимо, Европе (и Германии в первую очередь) пришло время задуматься о нововведениях в сфере здравоохранения. Кстати, не плохо было бы задуматься об этом и Украине.

Биомолекула. Телетайп.

Date: 2011-06-09 05:21 pm (UTC)
From: [identity profile] phago-lov.livejournal.com
Им всем пора задуматься о возрождении фаготерапии. ))

Date: 2011-06-09 05:37 pm (UTC)
From: [identity profile] imbg.livejournal.com
при современной истерике даже из-за ГМО-колбасы? ты наверное шутишь :)

Date: 2011-06-09 05:42 pm (UTC)
From: [identity profile] phago-lov.livejournal.com
Петь, какие шутки. Два фагопрепарата уже получили лицензии FDA и EPA для использования в пищевой промышленности, один вовсю используется в сельском хозяйстве. На подходе ещё две лицензии. ))

Date: 2011-06-09 06:05 pm (UTC)
From: [identity profile] imbg.livejournal.com
да я знаю, но представь заголовки - ученые вводят людям вирусы!!!
From: [identity profile] zloradskij.livejournal.com
А серьезно, после хорошей эпидемии резистентной гадости ( >10K трупов) вполне зашевелятся. Но сейчас их пугает ГМО и любые аргументы глохнут в пустых черепах как стук дряблым членом об стенку.
From: [identity profile] phago-lov.livejournal.com
Да уже шевелятся потихоньку. ))

Date: 2011-06-09 06:56 pm (UTC)
From: [identity profile] phago-lov.livejournal.com
Это уже в прошлом. Сегодня оно уже не звучит настолько же жарено, как ещё пять лет назад.

Date: 2011-06-09 07:00 pm (UTC)
From: [identity profile] phago-lov.livejournal.com
Кстати, введение бактерий даже в детские йогурты уже никого не пугает. А тут, в принципе, та же пробиотическая концепция.

Date: 2011-06-09 08:18 pm (UTC)
From: [identity profile] imbg.livejournal.com
не я согласен кстати - фаги будут очень крутой альернативой антибиотикам.Что характеркно - самонаводящейся.
А че, можно ли попутно в них воткнуть ген какой-нибудь иммуно-стимулирующи типа интерферона под слабым промотором? Для оздоровление общего заодно?

Date: 2011-06-09 08:39 pm (UTC)
From: [identity profile] phago-lov.livejournal.com
Воткнуть можно всё, что хочешь, хоть под индуцируемым промотором, хоть как. Возникнут проблемы с регуляцией, генно-инженерная хрень имеет мало шансов.

Date: 2011-06-10 07:40 am (UTC)
From: [identity profile] potan.livejournal.com
Устойчивость у фагу вырабатывается очень быстро. И специфичность у них высокая.
При современном методе сертификации лекарств они будут устаревать быстрее, чем попадать на рынок.
Да и вообще лучшие фаги находят в сточных водах в очаге заражения - кто согласится таким лечиться? :-)

Date: 2011-06-10 08:31 am (UTC)
From: [identity profile] phago-lov.livejournal.com
Так сегодня основная тенденция в плане регуляции фагопрепаратов - оформлять их как GRAS, и не маяться дурью. FDA фагопрепараты уже регистрирует, но это так муторно, дорого и главное - долго, что препарат уже успеет морально устареть к моменту получения лицензии. Что же до сточных вод и прочих канализационных коллекторов - так ведь не сточными же водами лечить будут, а фаг - он фаг и есть, какая разница, откуда его выделили. Тут ведь как классик сказал - "когда б вы знали, из какого сора.." ))

Date: 2011-06-10 08:35 am (UTC)
From: [identity profile] phago-lov.livejournal.com
И ещё в плане устойчивости - "очень быстро" это как? По данным Чанишвили в среднем частота появления ресистентов около 10^-6. С антибиотиками тот же порядок, насколько я помню. И что? С 37 года по сей день спасли сотни миллионов людей. ))

Date: 2011-06-10 08:50 am (UTC)
From: [identity profile] potan.livejournal.com
У стрептококов (популярной причине больничных инфекций) очень быстро - у них за это отвечает CRISPR-система приобретенного иммунитета. У кишечной палочки эта система работает слабее - моя знакомая, которая занимается CRISPR, рассказывала, что E-coli от фагов спасается меняя поверхностные белки.
Все-таки фаги давно сожительствуют с бактериями, бактерии должны были научиться от них спасаться.

PS Давно интересуюсь, но не знаю у кого бы спросить - пробовали ли искать аналоги фагов для паразитов (простейших или глистов)?

Date: 2011-06-10 08:57 am (UTC)
From: [identity profile] phago-lov.livejournal.com
Про CRISPR почитаю, спасибо. Со стрептококковыми фагами я ещё не работал, не доводилось.
Но с другой стороны, не только бактерии приспосабливаются к фагам, фаги к бактериям приспосабливаются в той же степени. ))

А какие могут быть фаги у паразитов? Они вообще только и исключительно под прокариотов заточены.

Date: 2011-06-10 09:03 am (UTC)
From: [identity profile] potan.livejournal.com
Приспосабливаемость фагов ограничена требованиями сертификации :-).

Вирусы эукариот в природе тоже достаточно широко распространены. Да и бактерии могли бы похожую роль играть. Почему бы не попробовать их использовать для лечения?

Date: 2011-06-10 09:15 am (UTC)
From: [identity profile] phago-lov.livejournal.com
Проблема в опасности эукариотических вирусов для организма-хозяина. Я так думаю..))
Даже фаги облыжно пытаются обвинить в опасности для человека, а уж эукариотические вирусы!

Date: 2011-06-10 09:44 am (UTC)
From: [identity profile] potan.livejournal.com
А есть общие вирусы для, скажем, каких-нибудь млекопитающего и присмыкающегося? Мне казалось, что вирусы тоже достаточно специфичны.

Date: 2011-06-10 09:54 am (UTC)
From: [identity profile] phago-lov.livejournal.com
Специфичны, но в значительно меньшей степени. Есть множество теорий на этот счёт, но мне нравится объяснение на основе разной природы эукариотических и прокариотических сигма-факторов. А насколько я помню, у эукариот нет больших различий. (Впрочем, глубоко эту тему не копал никогда.)

Date: 2011-06-10 10:02 am (UTC)
From: [identity profile] potan.livejournal.com
Кстати, а для вирусов архей специфичность наблюдается?

Date: 2011-06-10 12:36 pm (UTC)
From: [identity profile] phago-lov.livejournal.com
Врать не буду, навскидку не помню. Нужно посмотреть. Но по идее, должна быть близкая аналогия с бактериями.

Date: 2011-06-11 06:09 pm (UTC)
From: [identity profile] zloradskij.livejournal.com
для малярии искали точно.

Date: 2011-06-11 06:14 pm (UTC)
From: [identity profile] potan.livejournal.com
Не нашли или лечить ими не смогли?
Я информацию про это найти не смог.

Date: 2011-06-11 11:50 pm (UTC)
From: [identity profile] zloradskij.livejournal.com
Проблема была найти такую пакость, которая залазила бы в эритроциты (к полазмодию), не вызывая при этом реакции имунной системы. Требования адски противоречивые поэтому неудивительно, что не нашли.

Date: 2011-06-13 02:14 pm (UTC)
From: [identity profile] potan.livejournal.com
Ну реакцию имунной системы почти все будет вызывать. Если аллергии не будет, с этим можно смириться. Если болезнь лечит.

Date: 2011-06-09 08:21 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
На чем основана идея фаготерапии? Я не понимаю, каким образом можно ожидать, что к фагам, применяемым в промышленных масштабах, не выработается моментально устойчивости, тем более что контролировать их распространение в дикой популяции практически невозможно.

Date: 2011-06-09 08:26 pm (UTC)
From: [identity profile] imbg.livejournal.com
я пока воздержусь от ответа, потому что phagolov завтра (у них сейчас ночь) ответит наверняка более квалифицированно - вот его проект, если не ошибаюсь: http://www.phage-biotech.com/

Date: 2011-06-09 08:47 pm (UTC)
From: [identity profile] phago-lov.livejournal.com
Ну, во-первых не сразу. Устойчивость вырабатывается ко всему, но - не сразу. При этом, в отличие от антибиотиков, где возникновение устойчивой субпопуляции делает неактуальным как применение любого антибиотика из использованной группы, так и прочих, действующих по тому же принципу (классический пример - пенициллины и цефаллоспорины) - активные фаги можно выделять до бесконечности, поскольку фаговые популяции видоизменяются в том же темпе, что и бактериальные. И на каждый бактериальный штамм, выработавший устойчивость к фагу Х, всегда найдётся вирулентный фаг Y, и так далее. К тому же, на практике чаще применяются не монофаги, а поливалентные коктейли, так что шасы возникновения устойчивой бактериальной жизнеспособной субпопуляции крайне низки.

Date: 2011-06-09 09:01 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Идея с коктейлями понятна, но вот в практичность бесконечного поточного выделения фагов верится с трудом. Интересно быдет посмотреть, что из этого выйдет.

Date: 2011-06-10 07:42 am (UTC)
From: [identity profile] potan.livejournal.com
Ну в универсальную пилюлю от всех болезней уже мало кто верит. Практичнее поставить разработку новых средств на поток.

Date: 2011-06-10 08:26 am (UTC)
From: [identity profile] phago-lov.livejournal.com
А почему, собственно, с трудом? Да, безусловно, фаготерапия требует постоянно работающей инфраструктуры, которая должна занимать мониторингом как бактериальной, так и фаговой флоры. С точки зрения современного бизнеса подобная ситуация непривычна, и соответственно - неудобна, но поскольку ситуация с антибиотиками уже давно в целом зашла в тупик - выбора нет. Да, у фаготерапии масса слабых сторон, как и у любого глобального подхода. Но есть масса сиильных. Я в своё время, после очередных беспонтовых переговоров, такую вот хрень написал. И скажите, что всё оно не так. ))

Date: 2011-06-10 02:26 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Даже если решить научный аспект, все равно предвижу две проблемы:
1. Производство. Хорошо, если можно будет все варианты фагов растить в одних и тех же клетках, при одних и тех же условиях и очищать одним и тем же способом. Если же придется хоть что-то хоть чуть-чуть менять, то могут быть проблемы - каждый новый "процесс" приходится тщательно тестировать, а это занимает изрядное время и деньги.
2. Регуляторные проблемы. То же самое - каждый новый фаг придется тщательно тестировать, иначе FDA его на рынок не выпустит. Тут есть исключение - вакцину от гриппа не тестируют каждый год, FDA сертифицировал "процесс", а не конкретную вакцину. То есть в принципе такое возможно. Но там все каждый год все делается абсолютно одинаково, только меняется антиген. Если же изменения будут более существенными (см. пункт 1), то FDA может заартачиться.

Date: 2011-06-10 03:48 pm (UTC)
From: [identity profile] phago-lov.livejournal.com
Технология производства и очистки отлажена. Технология производства большого количества фагов за три копейки - это моя основная наработка, у меня на сайте ссылка на патент есть.
Что до FDA - пришли мы к общему мнению, что с ними заводиться нерационально. Будем регистрировать каждый новый препарат как GRAS, и все дела. Поскольку производство вообще почти ничего не стоит (на 10 чашках Петри можно получить до литра лизата ~10^11 pfu/ml, в условиях элементарно оснащённой лаборатории) - можем себе позволить. "Интралитикс" 10 лет и несколько лимонов баксов вгрохал в EcoShield и ListShield, получили на них лицензию FDA, и теперь вынуждены держать цену порядка 500$ за литр 10^10 pfu/ml препарата. Скоро получат FDA approval на SalmoShield, и на этом, полагаю, всё. Собственно, инициатором перехода на GRAS они и были.

Date: 2011-06-13 09:29 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
А что делать с вероятностью того, что фаг может адаптироваться к полезным микробам? Первый же такой случай с мощным расстройством кишечника, вызванного тем, что фаг выкосил в нем всю полезную палочку и FDA захочет это дело если не запретить, то регулировать.

Date: 2011-06-14 06:21 am (UTC)
From: [identity profile] phago-lov.livejournal.com
А как вы себе представляете подобную адаптацию? Хотя бы в теории?
Когда, если не вру - какой-то дифтерийный фаг смог прицепиться к протею (не заразить! Просто адсорбироваться), фаговая общественность несколько месяцев стояла на ушах от восторга. Позже, вроде, открытие оказалось артефактом.
Фаги без генноинженерных модификаций неспособны к смене спектра хозяев. С тем же успехом можно ожидать урожая арбузов с ёлки.
Лысенковщина, в общем. ))

Date: 2011-06-14 11:18 am (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Да почему к протею? К другим бактериям.

Date: 2011-06-14 01:23 pm (UTC)
From: [identity profile] phago-lov.livejournal.com
Я, наверное, нечётко выразил свою мысль.
Восторги по поводу межвидовой кросс-чувствительности фага и бактерии-хозяина (повторюсь, всего лишь адсорбции) уже вызвало фурор и в воздух чепчики. Потому что это был чуть ли не первый подобный случай. Поскольку что за сто лет работы с фагами такого ещё не видели. Короче, не бывает такого, фаги исключительно видоспецифичны. ))

Date: 2011-06-14 02:48 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Очень трудно в это поверить. Биологические системы так не работают - всегда есть некоторая неспецифичность паразита в отношении хозяина. Среди вирусов это норма, почему бы это было иначе среди фагов?

Вот тут, кстати, приводится несколько примеров межвидовой и даже межродовой специфичности фагов: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20359459

Быстро поискав нашел вот, например, фаг FX174 который заражает E. coli C и Salmonella typhimurium, то есть не такая уж это редкость.

Date: 2011-06-14 05:45 pm (UTC)
From: [identity profile] phago-lov.livejournal.com
Уели. Не читал большую часть из этого. Даже в Штаты коллеге позвонил. Пришли к выводу, что по большей части это либо артефакты, либо казуистика. Впрочем, что сам руками не трогал - оспаривать не буду. При этом весь без малого столетний опыт практического примрнения фагов в той же клинике ничего о дисбактериозах не говорит.
При случае нужно будет FX174 прикупить и самому на Salmonella-х с Е. coli погонять. Предполагаю, что даже если лизис будет в обоих случаях, то будет он существенно разной интенсивности. Если соберусь - потом расскажу.

Date: 2011-06-14 05:50 pm (UTC)
From: [identity profile] shvarz.livejournal.com
Ну вполне логично, что разной. Проблема только в том, что даже если он будет совсем немного их заражать - при массовом применении эволюция в конце концов свое возьмет и он вполне вероятно адаптируется.
У FDA вполне вероятно такие же вопросы возникнут, так что будьте готовы отвечать :)

Date: 2011-06-14 06:05 pm (UTC)
From: [identity profile] phago-lov.livejournal.com
Да у FDA уже нет особых вопросов. Просто очень дорого у них это всё регистрировать и долго. Потому и решили идти подругому пути.
А в случае очень малоинтенсивного лизиса адаптируется скорее не фаг, а бактерия. Поскольку для терапевтических целей отбираются самые злобные фаги, то оно не так критично, как могло бы показаться.
Безусловно, фаги - не решение всех проблем, но множество неразрешимых уже на сегодняшний день - они решают. Чем, собственно, и занимаемся.

Date: 2011-06-10 07:37 am (UTC)
From: [identity profile] potan.livejournal.com
Можно надеяться что после этой эпидемии оборудование для ПЦР подешевеет?

Date: 2011-06-10 04:31 pm (UTC)
From: [identity profile] imbg.livejournal.com
так ПЦР-машину уже можно за 100 долл купить - http://www.biomolecula.ru/content/831

Profile

imbg: (Default)
Neo-IMBG

December 2020

S M T W T F S
  12345
6789101112
13 141516171819
20212223242526
2728293031  

Most Popular Tags

Style Credit

Expand Cut Tags

No cut tags
Page generated Jan. 31st, 2026 07:19 pm
Powered by Dreamwidth Studios